In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche.
Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.

• Halten eines 30 bis 45-minütigen Vortrags
• Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten
• Bearbeitung der Übungsaufgaben (in Zweiergruppen)
• Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben (in Zweiergruppen).

• pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen
• Erste Abgabe der Protokolle: spätestens Sonntag (für die Dienstags-Gruppe) bzw. Montag (für die Mittwochs-Gruppe) um 24:00 per Email (PDF < 3MB an praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de)
• Nachbesprechung erfolgt im Seminar.
• Zweite, finale Abgabe eine Woche später (Zeiten wie oben)
• nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe

Unvollständige Erstabgaben und inhaltliche Fehler in der Zweitabgabe führen zu einer “gelben Karte”. Nicht erfolgte Abgaben, unvollständige oder anderweitig inakzeptable Zweitabgaben führen zu einer “roten Karte”. Zwei gelbe Karten zählen wie eine rote Karte. Es dürfen maximal drei rote (bzw. zwei rote und zwei gelbe, eine rote und vier gelbe oder sechs gelbe) Karten gesammelt werden. (Bitte nicht einschüchtern lassen. Dieses Vorgehen soll nur als “Notbremse” dienen.)

• Ausarbeitungen: spätestens nach zwei Wochen. (PDF an praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de), Verbesserung zwei Wochen nach Rückgabe

Zum Erstellen des Protokolls kann (muss aber nicht!) folgende LaTeX Vorlage verwendet werden: ProtokollVorlage.zip. Ein beispielhaftes Musterprotokoll findet sich hier.

Freitag, 1.10., 10:15: Vorbesprechung

Dienstag bzw. Mittwoch:

• 10:15 - 11:45
• 12:30 - 14:00 (Tutorin: Rebecca Katharina Pfeil)

ZOOM ID: 94944556000 https://uni-bielefeld.zoom.us/j/94944556000

Passcode:

Diese Aufgaben dienen eurer Vorbereitung und erleichtern euch den Einstieg ins Praktikum. Nutzt die verbleibende Zeit und löst diese Aufgaben. Die Lösungen werden in späteren Aufgaben wiederverwendet / modifiziert / weiter ausgebaut.

Wir besprechen die Lösungen im Vorbereitungstreffen am 29.09. um 10:15 Uhr. Eine vorige Abgabe ist nicht erforderlich.

Beispiel-Fasta-Datei

Schreibt ein kleines Programm (Programmierspache eurer Wahl), dass von der Kommandozeile aus aufgerufen werden kann, eine Multiple-FASTA-Datei einliest (Dateiname als Argument ans Programm übergeben), und die Längen (sonst nichts) der enthaltenen Sequenzen auf der Konsole ausgibt.

Beispiel-Ausgabe:

 711
 284
 364
 429
 151

Überprüft, ob eine Multiple-FASTA-Datei Sequenz-Bezeichner enthält, die mehrfach vorkommen. Verwendet hierzu Kommandozeilen-Tools wie grep, sort und uniq, welche ihr entsprechend mittels Pipes (|) verbindet, so dass ein einziger Aufruf entsteht.

Beispiel-Ausgabe:

 2 > Sequenz_B

Oder zumindest:

 2 > Sequenz_B
 1 > Sequenz_A
 1 > Sequenz_C
 1 > Sequenz_D

Back to Teaching