392041 Implementieren von Algorithmen (Ü) (WiSe 2020/2021):
Jeder Teilnehmer implementiert einen (einfachen) Algorithmus in einer Programmiersprache seiner Wahl und stellt diesen an einem der wöchentlichen Termine vor. Die Themen werden individuell verteilt. Der Quellcode und einige Testdaten (falls zutreffend) müssen den Organisatoren vor der Präsentation zugesandt werden.

SoSe 2020:

• Fitch-Algorithmus für Small Parsimony
• Center-Star-Approximation für Sum-of-Pairs-Alignment
• Sellers' Algorithmus (unter Verwendung von SIMD-Befehlen)
• Burrows-Wheeler-Transformation (mit linearem Speicher)
• Nussinov-Algorithmus

WiSe 2019/2020:

• Profile Hidden Markov Models

SoSe 2019:

• Double Cut and Join (DCJ) Distance
• Spanning Trees (Kruskal or Prim)
• Neighbour Joining
• Sankoff-Algorithmus für Small Parsimony
• Agglomerative Clustering

WiSe 2018/2019:

• Extracting splits from a colored compacted de-Bruijn graph
• Konstruktion von Suffixbäumen mit WOTD
• Hirschberg-Algorithmus in Haskell
• Gotoh-Algorithmus für paarweises Alignment mit affinen Gapkosten
• Suffix array construction with Manber-Myers

SoSe 2018:

• Additive tree construction á la Waterman
• Finding MUMs and MEMs using Suffix Trees
• Perfect Phylogeny
• The Money Changing Problem
• Center-Star-Approximation für Multiples Alignment

WiSe 2017/2018:

• Progressives Alignment