Phylogenetik

Dr. Roland Wittler
Vorlesung: Mitwochs, 10.15-11.45 Uhr in U10-146\\
Sprechstunde: nach Vereinbarung
Büro: U10-145
Übungen: Siehe unten.
Koordination der Übungen: Roland Wittler, Kevin Lamkiewicz

Inhalt

Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik. In dieser Vorlesung werden mit klar algorithmischem Schwerpunkt traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Themen werden u.a. sein:

Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen

Literaturempfehlungen

J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
M. A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.

Links

NCBI Taxonomy - Common Tree
Interactive Tree of Life
Online NEWICK Tree drawing tool
Splitstree (licensed but free)
Mobyle portal, a portal for bioinformatics analyses

Vorlesungsskript (Wird in der Vorlesung ausgegeben.)

Klausur

02.02.2015, 8-10, H6 (Wird auf 10-12 verschoben, wenn für den Zeitraum ein Raum gefunden wird.)
23.2.2015 (und ggf. 24.2.): mündliche Prüfungen. Details und Terminvergabe nach erster Klausur…

Auszug aus dem Modulhandbuch: “Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50%) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung. […] Abschlussklausur oder abschließende mündliche Prüfung beziehen sich auf den Stoff der Vorlesung und der Übungen.”

Übungen

Koordination der Übungen: Roland Wittler, Kevin Lamkiewicz \\
Die Tutorien beginnen ab der zweiten Semesterwoche. \\

Jens Schulz	Mo	10-12	V4-106	ekvv
Dominik Gründing	Do	12-14	U10-146	ekvv

* Bestehensgrenze 50% (siehe “Klausur”)

Abgabe zu Beginn der Vorlesung oder vorab bei der Tutorin, beim Tutor oder beim Veranstalter.
keine Gruppenabgaben

Übungsaufgaben

Datum	Übungsblatt
08.10.2014	Blatt 1
15.10.2014	Blatt 2
22.10.2014	Blatt 3
29.10.2014	Blatt 4
05.11.2014	Blatt 5
12.11.2014	Blatt 6
19.11.2014	Blatt 7
26.11.2014	Blatt 8
03.12.2014	Blatt 9
10.12.2014	— ausgefallen —
17.12.2014	Bonuszettel
07.01.2015	Blatt 10
14.01.2015	— ausgefallen —
21.01.2015	Blatt 11 Hinweise zur Abgabe beachten!
28.01.2015	Blatt 12 Null Punkte. Lösung

Phylogenetic Marker Genes

Ribosomal protein S12
Ribosomal protein S7
Ribosomal protein L11
Ribosomal protein L1
Ribosomal protein L3
Ribosomal protein L22
Ribosomal protein S3
Ribosomal protein L16/L10E
Ribosomal protein S17
Ribosomal protein L14
Ribosomal protein L5
Ribosomal protein S8
Ribosomal protein L6P/L9E
Ribosomal protein L18
Ribosomal protein S5
Ribosomal protein L15
Preprotein translocase subunit SecY
Ribosomal protein S13
Ribosomal protein S11
Ribosomal protein S4 and related proteins
DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit/40 kD subunit
Ribosomal protein L13
Ribosomal protein S2
Seryl-tRNA synthetase
Leucyl-tRNA synthetase
Predicted GTPase, probable translation factor
Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha subunit
Ribosomal protein S9
Ribosomal protein S15P/S13E
Metal-dependent proteases with possible chaperone activity
Valyl-tRNA synthetase

Back to Teaching