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Sequenzanalyse-Praktikum

Übung: 392012 Di. 8-12 oder Mi. 8-12 Roland Wittler, Linda Sundermann ekvv oder ekvv

Inhalt

In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche, lernen.
Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.

Anforderungen

Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen.

  • Halten eines 45-minütigen Vortrags
  • Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten
  • Bearbeitung der Übungsaufgaben
  • Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben.

Regeln

  • pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen
  • Erste Abgabe der Protokolle: spätestens Sonntag (für die Dienstags-Gruppe) bzw. Montag (für die Mittowchs-Gruppe) um 24:00 per Email (PDF < 3MB an praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de)
  • Nachbesprechung erfolgt im Seminar.
  • Zweite, finale Abgabe eine Woche später (Zeiten wie oben)
  • nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe

Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden.

Zeiten und Räume

Dienstag:

  • 9:00 - 10:30 in U10-146
  • 10:45 - 12:15 in V6-116 (Tutor: Karsten Wüllems)

Mittwoch:

  • 9:00 - 10:30 in U10-146
  • 10:45 - 12:15 in V6-116 (Tutor: Franziska Kaiser)

Termine

Datum Thema Ansprechpartner Vortragende dienstags Vortragende mittwochs Zusätzliches Material
12./13.4. 1. Organisation, Anzahl Alignments Roland Roland Roland
19./20.4. 2. BWT in der Praxis Roland Roland Roland
26./27.4. – entfällt – 
3./4.5. 3. Score-Matrizen Roland Nadine & Dennis Hanna ipb001525a.results.pdf ipb001303d.results.pdf
10./11.5. 4. Datenbanken und Datenformate Linda Marie & Tram Anh Roy
17./18.5. 5. Paarweises Alignment in der Praxis 1: Datenbanksuche Roland Michel Lia
24./25.5. 6. Paarweises Alignment in der Praxis 2: Alignment-Statistik: Datenbanksuche Linda Celestina & Angelique Chris
31.5./1.6. 7. q-Grams und de Bruijn-Graphen Roland/Linda Roland/Linda Roland/Linda Java-Code, Python-Code, Fasta-Datei für Distanzen, Fasta-Datei für Velvet, Referenz für Velvet
7./8.6. 8. Indexstrukturen Roland Max E. & Sarah Vanessa Material
14./15.6. 9. Mapping und differencial expression Linda Moritz & Nils Fabian
21./22.6. 10. Multiples Alignment in der Praxis 1: DIALIGN Linda Katharina & Henrike Ruth dialign_sequences.fas, four_seq.fas
28./29.6. 11. Multiples Alignment in der Praxis 2: Clustal W Linda Christopher Miriam unknown_query.fas
5./6.7. 12. Genom-Browser und Genomalignment Roland Luisa Vithujah
12./13.7. 13. Strukturelle Variationen Linda Christoph Swaathika IGV.zip
19./20.7. 14. RNA Roland Max S. sequences.fasta

Lösungen der Übungsaufgaben schicken an: praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE

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