In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche, lernen.
Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.
Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen.
Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden.
Dienstag:
Mittwoch:
Datum | Thema | Ansprechpartner | Vortragende dienstags | Vortragende mittwochs | Zusätzliches Material |
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12./13.4. | 1. Organisation, Anzahl Alignments | Roland | Roland | Roland | |
19./20.4. | 2. BWT in der Praxis | Roland | Roland | Roland | |
26./27.4. | – entfällt – | ||||
3./4.5. | 3. Score-Matrizen | Roland | Nadine & Dennis | Hanna | ipb001525a.results.pdf ipb001303d.results.pdf |
10./11.5. | 4. Datenbanken und Datenformate | Linda | Marie & Tram Anh | Roy | |
17./18.5. | 5. Paarweises Alignment in der Praxis 1: Datenbanksuche | Roland | Michel | Lia | |
24./25.5. | 6. Paarweises Alignment in der Praxis 2: Alignment-Statistik: Datenbanksuche | Linda | Celestina & Angelique | Chris | |
31.5./1.6. | 7. q-Grams und de Bruijn-Graphen | Roland/Linda | Roland/Linda | Roland/Linda | Java-Code, Python-Code, Fasta-Datei für Distanzen, Fasta-Datei für Velvet, Referenz für Velvet |
7./8.6. | 8. Indexstrukturen | Roland | Max E. & Sarah | Vanessa | Material |
14./15.6. | 9. Mapping und differencial expression | Linda | Moritz & Nils | Fabian | |
21./22.6. | 10. Multiples Alignment in der Praxis 1: DIALIGN | Linda | Katharina & Henrike | Ruth | dialign_sequences.fas, four_seq.fas |
28./29.6. | 11. Multiples Alignment in der Praxis 2: Clustal W | Linda | Christopher | Miriam | unknown_query.fas |
5./6.7. | 12. Genom-Browser und Genomalignment | Roland | Luisa | Vithujah | |
12./13.7. | 13. Strukturelle Variationen | Linda | Christoph | Swaathika | IGV.zip |
19./20.7. | 14. RNA | Roland | Max S. | sequences.fasta |
Lösungen der Übungsaufgaben schicken an: praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE
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