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Sequenzanalyse-Praktikum


Übung: 392012 Mo. 8-12 oder Mo. 12-16 Nina Luhmann, Jens Stoye, Linda Sundermann ekvv oder ekvv

Inhalt

In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche, lernen aber auch Grundlagen der RNA-Sekundärstrukturvorhersage kennen.
Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.

Anforderungen

Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen.

  • Halten eines 45-minütigen Vortrags
  • Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten
  • Bearbeitung der Übungsaufgaben
  • Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben ( Beispiel )

Regeln

Gültig ab: 07.04.2014

  • pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen
  • Protokolle und Verbesserungen: spätestens Donnerstag um 24:00
  • Ausarbeitungen: spätestens nach zwei Wochen, Montag um 24:00
  • nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe (Ausnahme: vorherige Absprache)
  • feststellbare Verbesserung zur letzten Abgabe

Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden.

Zeiten und Räume

Vormittagstermin:

  • 8:45 - 10:00 in U10-146
  • 10:15 - 12:00 im GZI V2-221

Nachmittagstermin:

  • 12:45 - 14:00 in U10-146
  • 14:15 - 16:00 im GZI V2-221

Termine


Datum Thema Ansprechpartner Vortragende morgens Vortragende nachmittags Zusätzliches Material
07.04. 1. Organisation , Anzahl Alignments Linda Linda Linda
14.04. 2. BWT in der Praxis Nina Nina Nina
28.04. Ostern
28.04. 3. Score-Matrizen Nina Jan Svenja
05.05. 4. Primer Design Jens Jasmin Cora exampleDNA.txt
12.05. 5. Datenbanken und Datenformate Jens Vildan, Ann-Kathrin Bianca, Anne
19.05. 6. Paarweises Alignment in der Praxis 1: Datenbanksuche Nina Lillith Boris, Helena
26.05. 7. Paarweises Alignment in der Praxis 2: Alignment-Statistik : Datenbanksuche Linda Ago Phillip, Rudolf Seq.fas
02.06. 8. q-Grams und de Bruijn-Graphen Jens Susanne Judith, Cassandra Edit-Distanz und Rank-Funktion
09.06. Pfingsten
16.06. 9. Genom-Browser und Genomalignment Jens Benjamin Valeria, Carolin
23.06. 10. Multiples Alignment in der Praxis 1: Clustal Jens Dorian Elvira, Eva unknown_query.fas
30.06. 11. Multiples Alignment in der Praxis 2: T-COFFEE Linda Maryam Tobias, Sascha haem.fas
07.07. 12. Multiples Alignment in der Praxis 3: DIALIGN Linda Thomas Sarah, Tim dialign_sequences.fas
14.07. 13. RNA-Sekundärstrukturen Nina Yannik Thomas

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