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teaching:2020summer:bioappgere [2020/02/25 15:32]
tischulz [Overview] 		teaching:2020summer:bioappgere [2020/03/09 09:48]
tischulz
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-====== Practical Course: Bioinformatics Applications in Genome Research ======+ ====== Practical Course: Bioinformatics Applications in Genome Research ======
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 | **Date** ​   | **Topic** ​                                  | **Presentation** ​                                          | **Solution (for next day)** ​ | | **Date** ​   | **Topic** ​                                  | **Presentation** ​                                          | **Solution (for next day)** ​ |
-| Mon, 9.3.   | Metagenomics ​                        | Tizian: //​Metagenomics// ​                           |                                                 ​| +| Mon, 9.3.   | Metagenomics ​                        | Tizian: //​Metagenomics// ​                           |  ​Fabienne ​                                              | 
-| Tue, 10.3.   | Hi-C Data Analysis ​                                   | TBA: //HiCUP//     ​| ​                      ​| +| Tue, 10.3.   | Hi-C Data Analysis ​                ​| Leonard: //Hi-C//     ​| ​ ​Leonard ​                     ​| 
-| Wed, 11.3.   | Haplotype Inference I                                   ​| ​TBA: //​WhatsHap// ​                                          ​| ​                      ​| +| Wed, 11.3.   | Haplotype Inference I                                   ​| ​Fabienne: //​WhatsHap// ​                                          ​| ​ ​Lukas ​                     ​| 
-| Thu, 12.3.   | Haplotype Inference II                     ​| ​TBA: //Integer Linear Programs// ​                          ​| ​                         | +| Thu, 12.3.   | Haplotype Inference II                     ​| ​Lukas: //Integer Linear Programs// ​                          ​| ​ ​Leonard ​                        | 
-| Fri, 13.3.   | Assembly ​                   | TBA: //Genome Assembly, de Brujin Graphs// ​                                ​| ​                        ​| +| Fri, 13.3.   | Assembly ​                   | Leonard: //Genome Assembly, de Brujin Graphs// ​                                ​| ​ ​Fabienne ​                       ​| 
-| Mon, 16.3.  | Finishing ​                            ​| ​TBA: //​BWA// ​ |                        | +| Mon, 16.3.  | Finishing ​                            ​| ​Fabienne: //​BWA// ​ |  ​Lukas ​                      | 
-| Tue, 17.3.  | Genome rearrangements ​                ​| ​TBA: //​Rearrangement distances// ​                                          ​| ​                       | +| Tue, 17.3.  | Genome rearrangements ​                ​| ​Lukas: //​Rearrangement distances// ​                                          ​| ​ ​Fabienne ​                      | 
-| Wed, 18.3.  | Hidden Markov Models (HMMs) ​ | TBA: //​HMMs// ​                                          ​| ​                        ​| +| Wed, 18.3.  | Hidden Markov Models (HMMs) ​ | TBA: //​HMMs// ​                                          ​| ​ ​Lukas ​                       ​| 
-| Thu, 19.3.  | Gene Prediction ​                              | TBA: //Gene Prediction (software: Glimmer, Prodigal)// ​                                    ​| ​                     |+| Thu, 19.3.  | Gene Prediction ​                              | TBA: //Gene Prediction (software: Glimmer, Prodigal)// ​                                    ​| ​ ​Leonard ​                    |
 | Fri, 20.3.  | Finishing the Circos plot                   | --                                                         | --                           | | Fri, 20.3.  | Finishing the Circos plot                   | --                                                         | --                           |