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teaching:2020summer:phylogenetik [2020/03/09 15:26] rwittler created |
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| ====== Phylogenetik ====== | ====== Phylogenetik ====== | ||
| Dr. Roland Wittler\\ | Dr. Roland Wittler\\ | ||
| - | Vorlesung: Donnerstag, 10.15-11.45 Uhr in U10-146\\ | + | Vorlesung: Montag, 10.15-11.45 Uhr\\ |
| - | **(Wird vermutlich noch umgelegt, um einer Überschneidung zu entgehen.)**\\ | + | Übungen: Freitag, 13.15-14.45 Uhr (eine Stunde vorverlegt)\\ |
| - | Übungen: T.B.A.\\ | + | \\ |
| - | Sprechstunde: nach Vereinbarung\\ | + | **Corona-Version:**\\ |
| - | Büro: U10-145, U10-147 | + | **Online (live) mit digitalem Whiteboard in Kombination mit Skript.** |
| + | Dazu wird das Tool **Zoom** verwendet. Für die Teilnahme wird //kein// eigener Zoom-Account benötigt. Es muss aber eine Software installiert werden. Details zur Einwahl finden sich im [[https://bis.uni-bielefeld.de/_layouts/15/UniBi.Learning/Redirect.ashx?CourseEkvvId=200021101|Lernraum]]. | ||
| ===== Inhalt ===== | ===== Inhalt ===== | ||
| - | Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik. In dieser Vorlesung werden mit klar algorithmischem Schwerpunkt traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Themen werden u.a. sein: | + | Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik und umfasst ein großes Repertoire an algorithmischen Problemstellungen und Lösungstechniken. In dieser Vorlesung werden traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Dabei liegt ein klarer Schwerpunkt auf der algorithmischen Problembehandlung, welche über die Phylogenetik hinaus Anwendung finden: |
| - | * Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe | + | * Graphentheorie |
| - | * Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems | + | * Dynamische Programmierung |
| - | * Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen | + | * Komplexitätsanaylse |
| - | * Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion | + | * Clusteringverfahren |
| - | * Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen | + | * Maximum Likelihood |
| + | Themen werden u.a. sein: | ||
| + | |||
| + | * Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe | ||
| + | * Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems | ||
| + | * Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen | ||
| + | * Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion | ||
| + | * Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen | ||
| ===== Vorlesungsskript ===== | ===== Vorlesungsskript ===== | ||
| - | {{ teaching:2019summer:phylogeny:phylogeny_ss19.pdf | Vorlesungsskript Vorjahr }} (Wird in der Vorlesung ausgegeben.) | + | Siehe Lernraum. |
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| - | + | ||
| - | Neue Version noch in Arbeit. | + | |
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| ===== Links ===== | ===== Links ===== | ||
| - | [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/CommonTree/wwwcmt.cgi|NCBI Taxonomy - Common Tree]]\\ [[http://itol.embl.de/|Interactive Tree of Life]]\\ [[http://www.phylowidget.org/full/|Online NEWICK Tree drawing tool]]\\ [[http://www.splitstree.org/|Splitstree (licensed but free)]]\\ [[http://mobyle.pasteur.fr|Mobyle portal, a portal for bioinformatics analyses]] | + | [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/CommonTree/wwwcmt.cgi|NCBI Taxonomy - Common Tree]]\\ [[http://itol.embl.de/|Interactive Tree of Life]]\\ [[http://www.phylowidget.org/full/|Online NEWICK Tree drawing tool]]\\ [[http://www.splitstree.org/|Splitstree]]\\ [[http://mobyle.pasteur.fr|Mobyle portal, a portal for bioinformatics analyses]] |
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| ===== Prüfung ===== | ===== Prüfung ===== | ||
| - | Mündliche Prüfungen an Ende des Semesters. Termin wird noch bekannt gegeben. Termine für zweite Versuche nach Vereinbarung. | + | Mündliche Prüfungen am Ende des Semesters. Termin wird noch bekannt gegeben. Termine für zweite Versuche nach Vereinbarung. |
| ===== Übungen ===== | ===== Übungen ===== | ||
| - | Das Tutorium beginnt ab ... (T.B.A.) | + | Das Tutorium beginnt ab 24.04. |
| + | 13 Uhr c.t. via Zoom (Details siehe Lernraum) | ||
| - | * Bestehensgrenze 50% (siehe "Klausur") | + | * Übungszettel werden im Lernraum bereitgestellt |
| - | * Abgabe zu Beginn der Vorlesung oder vorab beim Veranstalter. | + | * Abgabe über Lernraum bis Donnerstagabend |
| + | * Besprechung in derselben Woche freitags | ||
| * keine Gruppenabgaben | * keine Gruppenabgaben | ||
| + | * Bestehensgrenze 50% (siehe "Prüfung") | ||
| - | + | \\ | |
| - | ===== Übungsaufgaben ===== | + | \\ |
| - | + | \\ | |
| - | ^ Datum ^ Übungsblatt ^ | + | |
| - | | | {{ :teaching:2020summer:phylogeny:uebung01.pdf | Blatt 1 }} | | + | |
| - | | | {{ :teaching:2020summer:phylogeny:uebung02.pdf | Blatt 2 }} | | + | |
| - | | | {{ :teaching:2020summer:phylogeny:uebung03.pdf | Blatt 3 }} | | + | |
| - | | | {{ :teaching:2020summer:phylogeny:uebung04.pdf | Blatt 4 }} | | + | |
| - | | | {{ :teaching:2020summer:phylogeny:uebung05.pdf | Blatt 5 }} | | + | |
| - | | | {{ :teaching:2020summer:phylogeny:uebung06.pdf | Blatt 6 }} | | + | |
| - | | | {{ :teaching:2020summer:phylogeny:uebung07.pdf | Blatt 7 }} | | + | |
| - | | | {{ :teaching:2020summer:phylogeny:uebung08.pdf | Blatt 8 }} | | + | |
| - | | | {{ :teaching:2020summer:phylogeny:uebung09.pdf | Blatt 9 }} | | + | |
| - | | | {{ :teaching:2020summer:phylogeny:uebung10.pdf | Blatt 10 }} | | + | |
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teaching/2020summer/phylogenetik.1583763995.txt.gz · Last modified: 2020/03/09 15:26 by rwittler
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