Dr. Roland Wittler
Vorlesung: Montag, 10.15-11.45 Uhr
Übungen: Freitag, 14.15-15.45 Uhr (wird ggf. in Absprache mit Teilnehmenden verlegt)

Corona-Version:
Online (live) mit digitalem Whiteboard in Kombination mit Skript. Dazu wird das Tool Zoom verwendet. Für die Teilnahme wird kein eigener Zoom-Account benötigt. Es muss aber eine Software installiert werden. Details zur Einwahl finden sich im Lernraum.

Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik. In dieser Vorlesung werden mit klar algorithmischem Schwerpunkt traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Themen werden u.a. sein:

• Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
• Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
• Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
• Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
• Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen

Vorlesungsskript Vorjahr

Neue Version noch in Arbeit.

• J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
• R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
• D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
• D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
• M. A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.

NCBI Taxonomy - Common Tree
Interactive Tree of Life
Online NEWICK Tree drawing tool
Splitstree (licensed but free)
Mobyle portal, a portal for bioinformatics analyses

Auszug aus dem Modulhandbuch: “Portfolio aus Übungsaufgaben, die veranstaltungsbegleitend […] und Abschlussklausur (90 min) oder mündlicher Abschlussprüfung (15-25 min). Die Übungsaufgaben ergänzen und vertiefen den Inhalt der Vorlesung. Mitarbeit in den Übungsgruppen (Zweimaliges Vorrechnen von Übungsaufgaben nach Aufforderung). […] Nachweis einer ausreichenden Zahl korrekt gelöster Übungsaufgaben (in der Regel 50% der im Semester für das Lösen der Aufgaben erzielbaren Punkte). Die Abschlussprüfung bezieht sich auf den Inhalt der Vorlesung und der Übung und dient der Bewertung.”

Mündliche Prüfungen am Ende des Semesters. Termin wird noch bekannt gegeben. Termine für zweite Versuche nach Vereinbarung.

Das Tutorium beginnt ab … (T.B.A.)

• Bestehensgrenze 50% (siehe “Klausur”)
• Abgabe per Email.
• keine Gruppenabgaben

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