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teaching:2020summer:sa [2020/02/25 23:08] jstoye [Sequenzanalyse, Sommersemester 2020] |
teaching:2020summer:sa [2020/09/25 15:31] jstoye [Prüfungstermine] |
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| - | | [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=200016408|392105]]/[[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=200016673|06]] | Stoye, Dias Vieira Braga | SOSE 2020 | Di 10-12 und Do 10-12 in T2-205 | | + | | [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=200016408|392105]]/[[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=200016673|06]] | Stoye, Dias Vieira Braga | Sommer 2020 | Di 10-12 und Do 10-12 <del>in T2-205</del>, [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=200017169|Di 16-18]], [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=200017479|Mi 16-18]] | |
| ===== Kurzbeschreibung ===== | ===== Kurzbeschreibung ===== | ||
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| ===== Literatur ===== | ===== Literatur ===== | ||
| - | * Das Skript zur Vorlesung: {{teaching:2019summer:sa:sequence_analysis.pdf | Sequenzanalyse-Skript}} | + | * Das Skript zur Vorlesung: {{teaching:2020summer:sa:sequence_analysis.pdf | Sequenzanalyse-Skript}} |
| * Prof. Volker Heun an der TU München hat auch eine gute [[https://www.bio.ifi.lmu.de/mitarbeiter/volker-heun/notes/index.html|Skriptsammlung]]. | * Prof. Volker Heun an der TU München hat auch eine gute [[https://www.bio.ifi.lmu.de/mitarbeiter/volker-heun/notes/index.html|Skriptsammlung]]. | ||
| * Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997. | * Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997. | ||
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| * **Zur Teilnahme an der Vorlesung und Klausur sind diejenigen berechtigt, welche die A&D-Klausur bestanden haben oder im WS2019/20 zur A&D-Klausur zugelassen waren.** | * **Zur Teilnahme an der Vorlesung und Klausur sind diejenigen berechtigt, welche die A&D-Klausur bestanden haben oder im WS2019/20 zur A&D-Klausur zugelassen waren.** | ||
| * Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50% der Punkte) und aktive Teilnahme in den Tutorien (mindestens zweimal Vorrechnen) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung. | * Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50% der Punkte) und aktive Teilnahme in den Tutorien (mindestens zweimal Vorrechnen) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung. | ||
| - | * Die Übungszettel werden wöchentlich Montags mittags auf dieser Seite online geschaltet. Gleichzeit endet dann auch die Abgabefrist der Übungszettel der vorangegangenen Woche. Die Lösungen können entweder in der Vorlesung, im Briefkasten vor dem Büro U10-151 abgegeben werden, oder direkt per E-mail an die jeweiligen Tutoren geschickt werden. | + | * Die Übungszettel werden wöchentlich Donnerstag mittags auf dieser Seite online geschaltet. Gleichzeit endet dann auch die Abgabefrist der Übungszettel der vorangegangenen Woche. Die Lösungen müssen per E-mail an die jeweilige Tutorin geschickt werden. |
| - | * **Bitte den Tutorientermin bzw. den Tutor, sowie Deinen Namen deutlich auf der Abgabe vermerken.** Zettel, die nicht zugeordnet werden können, werden auch nicht bewertet. | + | |
| + | :!: **Achtung: Die Veranstaltung findet live per Videokonferenz statt. Informationen hierzu werden kurz vor Beginn am 20.4.2020 an alle eingetragenen Teilnehmer*innen verschickt.** | ||
| ===== Übungen ===== | ===== Übungen ===== | ||
| - | Abgabeschluss der wöchentlichen Übungsaufgaben ist jeweils **Montags 12:00 Uhr**. Gleichzeitig wird ein neuer Übungszettel auf dieser Seite veröffentlicht werden. Abgaben können zur Vorlesung, im Briefkasten vor dem Büro U10-151 oder direkt per E-mail an die jeweiligen Tutoren abgegeben werden. | + | Abgabeschluss der wöchentlichen Übungsaufgaben ist jeweils **Donnerstags 12:00 Uhr**. Gleichzeitig wird ein neuer Übungszettel auf dieser Seite veröffentlicht werden. Abgaben müssen direkt per E-mail an die jeweilige Tutorin geschickt werden. |
| - | | **Termin** | **Tutor** | **Raum** | **eKVV** | | + | | **Termin** | **Tutorin** | **Raum** | **eKVV** | |
| - | | tba | NN | TBA | | | + | | Di 16-18 | Marilia Dias Vieira Braga | <del>U10-146</del> | [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=200016673|392106]] | |
| - | | tba | NN | TBA | | | + | | Di 16-18 | Rebecca Pfeil | [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=200017169|Online-Tutorium 1]] || |
| - | | tba | NN | TBA | | | + | | Mi 16-18 | Leonie Brockmann | [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=200017479|Online-Tutorium 2]] || |
| ===== Prüfungstermine ===== | ===== Prüfungstermine ===== | ||
| - | - Klausur: 09.07.2020, 10-12 in T2-205 | + | - Präsenzklausur: 09.07.2020, 10-12 in H4. Bitte [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=225975816|hier]] bis 02.07.2020 verbindlich anmelden. |
| - | - Klausur: 24.09.2020, 10-12 in TBA | + | - Zweite Präsenzklausur: 24.09.2020, 10-12 in H4. Bitte [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=234280105|hier]] bis 10.09.2020 verbindlich anmelden. |
| + | - Wer an den Präsenzklausuren nicht teilnehmen möchte oder darf, kann eine mündliche Prüfung durchführen, entweder in Präsenz oder per Zoom. Bei Interesse sollte man den Dozenten bis zum 17.09.2020 per Email kontaktieren. | ||
| ===== Übungszettel ===== | ===== Übungszettel ===== | ||
| - | | ** Woche ** | **Datum** | **Übungszettel** | **Präsenzübungszettel** | **Sonstiges** | | + | | ** Woche ** | **Datum** | **Thema** | **Abschnitt im Skript** | **Übungszettel** | |
| - | | 15 | 07./09.04.2020 | | | | | + | | <del>15</del> | <del>07./09.04.2020</del> | | | | |
| - | | 16 | 14./16.04.2020 | | | | | + | | <del>16</del> | <del>14./16.04.2020</del> | | | | |
| - | | 17 | 21./23.04.2020 | | | | | + | | 17 | 21./23.04.2020 | Di: Einleitung, Logistik\\ Do: Wh. Grundlagen | 1\\ 2 | \\ {{teaching:2020summer:sa:blatt01.pdf | Blatt 01}} | |
| - | | 18 | 28./29.04.2020 | | | | | + | | 18 | 28./30.04.2020 | Di: Def. Metriken auf Sequenzen\\ Do: Berechnung der Edit-Distanz| 3.1-3.5\\ 3.6 | \\ {{teaching:2020summer:sa:blatt02.pdf | Blatt 02}}| |
| - | | 19 | 05./07.05.2020 | | | | | + | | 19 | 05./07.05.2020 | Di: Die //q//-gram-Distanz\\ Do: Die Maximal-Matches-Distanz, Filtern | 3.7\\ 3.8, 3.9 | \\ {{teaching:2020summer:sa:blatt03.pdf | Blatt 03}}| |
| - | | 20 | 12./14.05.2020 | | | | | + | | 20 | 12./14.05.2020 | Di: Def. paarweises Alignment, Alignment-Score\\ Do: Alignment-Graph und universeller Algorithmus | 4.1, 4.2\\ 4.3, 4.4 | \\ {{teaching:2020summer:sa:blatt04.pdf | Blatt 04}} | |
| - | | 21 | 19./21.05.2020 | | | | | + | | 21 | 19./<del>21</del>.05.2020 | Di: Alignment-Typen, Gapkosten\\ Do: -- | 4.5, 4.6\\ -- | \\ {{teaching:2020summer:sa:blatt05.pdf | Blatt 05}} | |
| - | | 22 | 26./28.05.2020 | | | | | + | | 22 | 26./28.05.2020 | Di: Fortgeschrittene Alignment-Themen I \\ Do: Fortgeschrittene Alignment-Themen II | 5.1, 5.2\\ 5.3, 5.4 | \\ {{teaching:2020summer:sa:blatt06.pdf | Blatt 06}} | |
| - | | 23 | 02./04.06.2020 | | | | | + | | 23 | 02./04.06.2020 | Di: Paarweises Alignment in der Praxis\\ Do: Def. Suffixbäume, WOTD-Algorithmus | 6\\ 7.1-7.6 | \\ {{teaching:2020summer:sa:blatt07.pdf | Blatt 07}} | |
| - | | 24 | 09./11.06.2020 | | | | | + | | 24 | 09./<del>11.</del>06.2020 | Di: Anwendungen von Suffixbäumen\\ Do: -- | 7.7\\ -- | \\ {{teaching:2020summer:sa:blatt08.pdf | Blatt 08}} | |
| - | | 25 | 16./18.06.2020 | | | | | + | | 25 | 16./18.06.2020 | Di: Suffixarrays\\ Do: Burrows-Wheeler-Transformation | 8\\ 9 | \\ {{teaching:2020summer:sa:blatt09.pdf | Blatt 09}} | |
| - | | 26 | 23./25.06.2020 | | | | | + | | 26 | 23./25.06.2020 | Di: Def. Multiples Alignment, NP-Completeness\\ Do: Exakte Algorithmen für SP-Alignment | 10\\ 11.1-11.3 | \\ {{teaching:2020summer:sa:blatt10.pdf | Blatt 10}} | |
| - | | 27 | 30.6./01.07.2020 | | | | | + | | 27 | 30.6./02.07.2020 | Di: Heuristiken für SP-Alignment\\ Do: Baumalignment, Genomalignment | 11.4, 11.5\\ 12, 13 | \\ {{teaching:2020summer:sa:blatt11.pdf | Blatt 11}} | |
| - | | 28 | 06./08.07.2020 | | | | | + | | 28 | 07./09.07.2020 | Di: Allgemeine Wiederholung, Fragen\\ Do: Klausur | --\\ -- | \\ -- | |
| - | | 29 | 13./15.07.2020 | | | | | + | |
teaching/2020summer/sa.txt · Last modified: 2020/09/25 15:31 by jstoye
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