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teaching:2010winter:phylogenetik

Phylogenetik

Dr. Katharina Jahn
M.Sc. Christina Ander

Inhalt, Kommentar

Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik. In dieser Vorlesung werden mit klar algorithmischem Schwerpunkt traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Themen werden u.a. sein:

  • Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
  • Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
  • Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
  • Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
  • Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen

Skript zur Vorlesung

Semesterapparat

J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
M.A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.

NCBI Taxonomy - Common Tree
Interactive Tree of Life
Online NEWICK Tree drawing tool


Das Vorlesungsskript ist nicht mehr verlinkt. Bitte beim Veranstalter fragen…

Klausur

Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50%) und aktive Teilnahme an den Tutorien (“Vorrechnen”) sind Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur. Die Übungsaufgaben werden in der Regel wöchentlich ausgegeben. Die Klausur bezieht sich auf den Stoff der Vorlesung und der Übungen.

Die Klausur findet am 10.02.2011 von 10:30-12:00 in H3 statt. Um frühzeitiges Erscheinen bis 10:15 Uhr wird gebeten.

Wichtig: Der Termin für die Nachklausur hat sich geändert!!! Die Nachklausur findet am 31.03.2011 von 12:15-13:45 in H16 statt. Um frühzeitiges Erscheinen bis 12:00 Uhr wird gebeten.

Übungen

Mi, 10-12 in U10-146
Mi, 10-12 in M3-115
Do, 8-10 in U10-146

Die Übungen finden erstmals am 3./4.11.2010 statt.
Die Aufteilung in die beiden Mittwochs-Gruppen findet am ersten Termin in U10-146 statt!

Übungsaufgaben

Datum Übungsblatt
28.10.2010 Blatt 1
04.11.2010 Blatt 2
11.11.2010 Blatt 3
18.11.2010 Blatt 4
25.11.2010 Blatt 5
02.12.2010 Blatt 6
09.12.2010 Blatt 7
16.12.2010 Blatt 8
23.12.2010 Blatt 9
13.01.2011 Blatt 10
20.01.2011 Blatt 11
27.01.2011 Blatt 12
teaching/2010winter/phylogenetik.txt · Last modified: 2016/01/19 12:37 (external edit)