Spezielle Algorithmen in der Genomforschung

Seminar im Sommersemester 2003

Mittwoch, 12:00-13:30 Uhr, S0-115

Jens Stoye

Kurzbeschreibung

In jedem Genomprojekt werden in großem Maße Daten generiert, die nur mit bioinformatischen Methoden ausgewertet werden können. Dabei werden zahlreiche algorithmische Techniken eingesetzt, die speziell zum Zweck der Genomanalyse entwickelt wurden.
In diesem Seminar sollen aktuelle Arbeiten zur bioinformatischen Analyse komplett sequenzierter Genome selbstständig erarbeitet und präsentiert werden.

Voraussetzungen

Die grundlegende Kenntnis der Begriffe und Methoden der Genomforschung wird vorausgesetzt. Grundkenntnisse über Bioinformatikmethoden in der Genomforschung, beispielsweise aus der Veranstaltung "Grundlagen der funktionellen Genomanalyse", sind hilfreich aber nicht zwingend erforderlich.

Themenvorschläge

Genomkartierung
Sequenzassemblierung
Genvorhersage
Datenbanksuchtechniken
DNA-Microarray-Design
Techniken der Bilderkennung für Microarrays und 2D-Gele
Algorithmen in der Proteomik
Genomvergleich
...

Zeitplan

Datum	Referent	Titel
23.04.2003		Vorbesprechung
30.04.2003	- entfällt -	(BREW-Workshop im ZIF)
07.05.2003		zweite Vorbesprechung
14.05.2003	Miranda Grahl, Anika Jöcker	Datenbanksuchtechniken
21.05.2003	Jens Stoye	Phylogenetic Footprinting
28.05.2003	Sven Aster	Hidden-Markov-Modelle in der Genomforschung
04.06.2003	Jan Mihrmeister	DNA-Microarray-Design
11.06.2003
18.06.2003	Sebastian Burgemeister, Jochen Blom	Sequenzassemblierung
25.06.2003	Silke Szymczak	Genvorhersage
02.07.2003	Thomas Schmidt	Genomvergleich II
09.07.2003
16.07.2003 10 Uhr c.t., E2-138
23.07.2003 10 Uhr c.t., E2-138	Thomas Kohl Abel Nikogosian	Algorithmen in der Proteomik Genomvergleich I
30.07.2003

Genome Informatics