Spezielle Algorithmen zur Rekonstruktion phylogenetischer Bäume

Seminar im Sommersemester 2003

Mittwoch, 12:00-13:30 Uhr, S0-115

Jens Stoye

Kurzbeschreibung

In diesem Seminar sollen klassische und moderne Algorithmen zur Rekonstruktion phylogenetischer Bäume von den Teilnehmern des Seminars selbstständig erarbeitet und präsentiert werden.
Alternativ zu einem Vortrag gibtes in dieser Veranstaltung die Möglichkeit, zu speziellen Themenbereichen kurze Praktika vorzubereiten, die dann mit allen Teilnehmern durchgeführt werden.

Voraussetzungen

Grundkenntnisse über phylogenetische Methoden, beispielsweise aus der Veranstaltung Älgorithmen zur Rekonstruktion phylogenetischer Bäume", sind hilfreich aber nicht zwingend erforderlich.

Themenvorschläge

(a) Vorträge

Theorie der konvergenten Methoden (Warnow etc.)
Die Methode der Invarianten
Likelihood mapping und quartet mapping
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(b) Praktikum

Phylip - Vergleich verschiedener Methoden
Splitstree - Vergleich von Split-Graphen und Bäumen
Treeview und andere - Algorithmen zur Darstellung von Phylogenien
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Genome Informatics