Spezielle Algorithmen auf Sequenzen

Vorlesung im Sommersemester 2003

Montag, 12:30-14:00 Uhr, V2-205

Jens Stoye

Kurzbeschreibung

Algorithmische Fragestellungen bei der Analyse endlicher Zeichenketten werden in der mathematischen und informatischen Literatur schon seit langer Zeit untersucht. Einen deutlichen Schub hat diese Forschung in den 1980er und 1990er Jahren durch das Aufkommen der Bioinformatik erhalten. Dieser Schub begründet sich einerseits qualitativ durch neue Fragestellungen aus der bioinformatischen Anwendung, andererseits quantitativ durch die enorme Größe der Datenmengen, mit denen man es im bioinformatischen Kontext zu tun hat.
In dieser Vorlesung werden spezielle algorithmische Fragestellungen in der Sequenzanalyse behandelt werden, die durch die Bioinformatik aufgeworfen werden. Behandelte Themengebiete sind das paarweise und multiple Sequenzalignment in verschiedenen Varianten (affine Gapkosten, linearer Platzbedarf, parametrisches Alignment) sowie der Vergleich zweier oder mehrerer Genome sowohl auf Sequenz- wie auch auf der Gen-Ebene.

Voraussetzungen

Grundlagen der Sequenzanalyse

Zeitplan

Klausurergebnisse

Die Ergebnisse der Klausur können bei Frau Samuel im Sekretariat U4-133 (täglich 9:00 - 12:30 Uhr) erfragt werden. Dort sind auch die Scheine erhältlich. Als Wiederholungsprüfung wird eine mündliche Prüfung angeboten. Terminabsprache bitte bei Frau Samuel oder in meiner Sprechstunde, Donnerstags 13-14 Uhr.