Grundlagen der Sequenzanalyse

Vorlesung im Wintersemester 2003/2004

Montag, 10:15-12:00 Uhr , D2-136

Jens Stoye

Kurzbeschreibung

Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine,
Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern
werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet.
Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft
ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische
Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist.

In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von
Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen
behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische
Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen
Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.

Voraussetzungen

Algorithmen und Datenstrukturen

Scheinkriterien

Der Schein wird durch das Bestehen der Klausur erworben.
Regelmässige Teilnahme an den Übungen und Abgabe der Übungszettel mit im Schnitt 50% der zu erreichenden Punktzahl sind Voraussetzung für die Klausurteilnahme.

Klausurtermin ist der 02.02.2004

Übungen

Klaus-Bernd Schürmann (http://www.cebitec.uni-bielefeld.de/~klaus/)
Montag, 12:30-14:00 Uhr , Raum C01-136

Gregor Obernosterer
Mittwoch, 10:15-12:00 Uhr , Raum V4-106

Übungsaufgaben

Übung 1 (27.10.2003)
Übung 2 (03.11.2003)
Übung 3 (17.11.2003)
Übung 4 (01.12.2003)
Übung 5 (08.12.2003)
Übung 6 (15.12.2003)
Übung 7 (12.01.2004)
Übung 8 (19.01.2004)

Literatur

Lecture notes for Foundations of Sequence Analysis (http://www.techfak.uni-bielefeld.de/techfak/persons/kurtz/PS/GSA.ps.gz)

Genome Informatics