Vorlesung: Algorithmen in der Genomforschung

Grundlagen der Sequenzanalyse

Vorlesung im Wintersemester 2005/2006

Donnerstag 8-10 Uhr in H11

Jens Stoye, Julia Mixtacki, Arne Hauenschild, Wiebke Timm


Kurzbeschreibung

Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist.
In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.

Voraussetzungen:

Algorithmen und Datenstrukturen

Literatur:

Skript zur Vorlesung
Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997.
Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.

Übungen (Mo 14-16 Uhr, Do 14-16 Uhr):

Datum Übungsblatt
27.10.2005 Blatt 1
03.11.2005 Blatt 2
10.11.2005 Blatt 3
17.11.2005 Blatt 4
24.11.2005 Blatt 5
01.12.2005 Blatt 6
08.12.2005 Blatt 7
05.01.2006 Blatt 8
12.01.2006 Blatt 9
26.01.2006 Blatt 10

Beispielfragen

Datum
15.12.2005 zu Kapitel 3
19.01.2006 zu Kapitel 4
02.02.2006 zu Kapitel 5

Informationen zur Klausur

Die Klausur zu dieser Veranstaltung findet am 9. Februar zwischen 8:30 und 10:00 in Hörsaal 11 statt. Es wird um frühzeitiges Erscheinen bis 8:20 Uhr gebeten.
Grundlage für die Klausur ist das Skript zur Vorlesung. Auch in der Vorlesung übersprungene, aber in den Übungen behandelte Abschnitte sind prüfungsrelevant.
Für Studierende im 3. Semester BiG-Bachelor ist der erfolgreiche Abschluss des Moduls Algorithmen und Datenstrukturen Voraussetzung für die Teilnahme an der Klausur. Dies wird in der Woche vor der Klausur für alle im eKVV eingetragenen Teilnehmer überprüft. Deshalb ist es notwendig, sich für die Teilnahme an der Klausur dort zu registrieren.