Algorithmen in der Genomforschung (WS06/07)

Prof. Jens Stoye

Zeit: Fr. 10-12 in U10-146
Belegnummer: 392111 (Vorlesung), 392112 (Übungen)

Organisatorisches

Zusammen mit dem Praktikum "Bioinformatische Anwendungen in der Genomforschung" im kommenden Sommersemester bildet diese Veranstaltung das Master-Modul "Algorithmen in der Genomforschung". Die Übungen werden nicht bewertet, Anwesenheit und Aktivität werden aber erwartet. Das Modul schließt mit einer mündlichen Prüfung am Ende des Sommersemesters ab.

Übungen: Fr. 8-10 in U10-146

• Übungszettel 1
• Übungszettel 2
• Übungszettel 3
• Übungszettel 4
• Übungszettel 5
• Übungszettel 6
• Übungszettel 7
• Übungszettel 8
• Übungszettel 9

Material

PQ-Baum-Applet

Download PQTree.jar and run java -jar PQTree.jar -g n where n is the number of leaves for the initial PQ-Tree. Select the elements which shall appear consecutively by mouse click and Ctrl or shift in the list on the left side of the window. Then click Reduce to get the resulting tree. Use Reset to get the initial tree again.
[Reference: J. Harris. A Graphical Java Implementation of PQ-Trees. http://www.jharris.ca/portfolio/academic.htm (last visited 09/20/2006), April 2002. Carleton University. Debugged by Roland Wittler, Bielefeld University. ]

Phylogenetic Footprinting

The Haskell skript spp.lhs by Roland Wittler contains a simple but effective implementation of the basic algorithm for the Substring Parsimony Problem.