Vorlesung 392011 und Übungen 392012 im Wintersemester 2006/2007
Donnerstag 8:30 bis 10:00 Uhr in H3
Die Ergebnisse der Klausur vom 08.02.2007 stehen hier zum Download bereit und hängen auch vor U10-146 aus.
Wichtig für die Nachklausur: Bitte vor dem 1.3. in die Liste vor U10-146 eintragen, ggf. unmögliche Termine angeben. Geplant ist ein Termin Ende März. Aus rechtlichen Gründen muss die Nachklausur noch im Wintersemester stattfinden.
Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine,
Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern
werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet.
Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft
ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische
Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist.
In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von
Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen
behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische
Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen
Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.
Einteilung in der ersten Vorlesung am 19.10. Nach- und Ummeldungen bitte an Katharina Jahn .
Datum | Vorlesung | Übungsblatt | Abgabe |
---|---|---|---|
19.10.2006 | Organisatorisches; Metriken auf Sequenzen | Blatt 1 | 26.10.2006 |
26.10.2006 | Edit-Operationen, Edit-Distanz und verwandte Distanzen | Blatt 2 | 02.11.2006 |
02.11.2006 | Maximal matches Distanz | Blatt 3 | 09.11.2006 |
09.11.2006 | q-gram Distanz | Blatt 4 | 16.11.2006 |
16.11.2006 | Äquivalenz von Distanzen und Ähnlichkeiten | Blatt 5 | 23.11.2006 |
23.11.2006 | Paarweises Sequenzalignment (global, lokal, Varianten) | Blatt 6 | 30.11.2006 |
30.11.2006 | Affine Gapkosten, suboptimale Alignments, Sellers' Algorithmus | Blatt 7 | 07.12.2006 |
07.12.2006 | Dotplots, BLAST, FASTA |
Blatt 8
GPCRs.fasta |
14.12.2006 |
14.12.2006 | FASTA, SWIFT, q-gram Index | Blatt 9 | 21.12.2006 |
21.12.2006 |
Statistik von Matches und lokalen Alignments
Suffixbäume |
Blatt 10 | 11.01.2007 |
11.01.2007 | Suffixbäume und Suffix-Arrays | Blatt 11 | 18.01.2007 |
18.01.2007 | Konstruktion von Suffixbäumen und Suffix-Arrays | Blatt 12 | 25.01.2007 |
25.01.2007 | Blatt 13 | 01.02.2007 | |
01.02.2007 | PSSMs, Sequenzlogos. Wiederholung | --- | --- |
08.02.2007 | Klausur um 8:15 in H3. Beginn: 8:30 Uhr. | --- | --- |