Vorlesung 392010 und Übungen 392011 im Sommersemester 2007
Freitags 8:30 bis 10:00 Uhr in H14
Wir werden einerseits Themen, die aus der Grundvorlesung bekannt sind, vertiefen, z.B. effiziente Implementierungen von Suffixbäumen und Suffixarrays, Alignment mit linearem Platzbedarf (Hirshberg-Technik), wie hängt das optimale Alignment von der benutzten Scorefunktion ab (parametrisches Alignment), längennormalisiertes Alignment
Weiterhin betrachten wir neue Probleme und Modelle, z.B. RNA-Sekundärstrukturvorhersage (Nussinov-Algorithmus), Transkriptionsfaktorbindestellenvorhersage mit Hilfe von position weight matrices (PWMs), sowie die Modellierung von genomischen Signalen (wie CpG islands oder Genstrukturen) mit Hidden Markov Modellen (HMMs).
Wir werden uns auch vermehrt anwendungsorientierten Algorithmen zuwenden: Vergleich ganzer Genome, Finden von repeats, etc.
Einteilung in der zweiten Semesterwoche per e-mail. Nach- und Ummeldungen bitte an Peter Husemann .
Datum | Vorlesung | Übungsblatt | Abgabe |
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06.04.2007 | [Karfreitag] | --- | --- |
13.04.2007 | Organisatorisches; WOTD-Suffixbaum-Konstruktion | Blatt 0 (Wiederholung) | 20.04.2007 |
20.04.2007 | Manber-Myers-Suffixarray-Konstruktion | Blatt 1 | 27.04.2007 |
27.04.2007 | RNA-Sekundärstruktur-Vorhersage: Nussinov | Blatt 2 | 04.05.2007 |
04.05.2007 | Special lecture: PASSTA | Blatt 3 | 11.05.2007 |
11.05.2007 | Paarweises Alignment mit linearem Platzbedarf | Blatt 4 | 18.05.2007 |
18.05.2007 | Längennormalisiertes und Parametrisches paarweises Alignment |
Blatt 5
[.ppt] zu parametrischem Alignment |
25.05.2007 |
25.05.2007 | Multiples Alignment: Definitionen, Probleme | Blatt 6 | 01.06.2007 |
01.06.2007 | Sum-of-pairs, Carillo-Lipman | Blatt 7 | 08.06.2007 |
08.06.2007 | Center-star, Divide-and-conquer Alignment | Blatt 8 | 15.06.2007 |
15.06.2007 | Tree-Alignment | Blatt 9 | 22.06.2007 |
22.06.2007 | progessives Alignment | Blatt 10 | 29.06.2007 |
29.06.2007 | Genomvergleich | Blatt 11 | 06.07.2007 |
06.07.2007 | Wiederholung | --- | --- |
13.07.2007 | Klausur um 8:15 in H14. Beginn: 8:30 Uhr. | --- | --- |