Sequenzanalyse II

Kurzbeschreibung

Algorithmische Fragestellungen bei der Analyse endlicher Zeichenketten werden in der mathematischen und informatischen Literatur schon seit langer Zeit untersucht. Einen deutlichen Schub hat diese Forschung in den 1980er und 1990er Jahren durch das Aufkommen der Bioinformatik erhalten. Dieser Schub begründet sich einerseits qualitativ durch neue Fragestellungen aus der bioinformatischen Anwendung, andererseits quantitativ durch die enorme Größe der Datenmengen, mit denen man es im bioinformatischen Kontext zu tun hat.

Diese Vorlesung setzt die Veranstaltung "Grundlagen der Sequenzanalyse" aus dem WS 2010/11 fort, in der algorithmische Fragestellungen in der Sequenzanalyse behandelt werden, die durch die Bioinformatik aufgeworfen werden. Behandelte Themengebiete sind das paarweise und multiple Sequenzalignment in verschiedenen Varianten: linearer Platzbedarf, längennormalisierte Scores, parametrisches Alignment, exakte und heuristische Verfahren.

Literatur

  • Prof. Volker Heun an der TU München hat auch eine gute Skriptsammlung.
  • Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997.
  • Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.

Veranstaltungsdaten

Wir bitten alle Studierenden, sich im ekvv fr Vorlesung und bungen zu registrieren. Dies erleichtert die Organisation der bungsgruppen.


Vorlesung: 392012 Jens Stoye Fr 8:30-10:00, H11\\Ersatztermine: Di 8:30-10:00, H15 ekvv
Übungen: 392013 Jens Stoye, Daniel Dörr siehe unten ekvv

Planung der Übungen

Beginn ab Di, 03.05.2011!\\

Termin Tutor Raum
Di, 14-16 Nina Luhmann U10-146
Mi, 08-10 Nilofar Abdavi Azar U10-146
Mi, 12-14 Linda Sundermann V6-116

Prüfungstermine

Klausur 18.07.2011 10 Uhr c.t., H11
Zweitprüfung 16.09.2011 10 Uhr c.t., H11

Zeitplan:

Vorlesung Thema Übungszettel Präsenzübungen Extras
08.04.2011 Fällt aus - - -
15.04.2011 Fällt aus - - -
22.04.2011 Fällt aus (Karfreitag) - - -
29.04.2011 Suffixbäume I Blatt 1 Präsenzübungsblatt 1 -
06.05.2011 Suffixbäume II Blatt 2 Präsenzübungsblatt 2 -
10.05.2011 (für 08.04) Suffix Arrays - - -
13.05.2011 BWT, Alignment mit linearem Platz Blatt 3 Präsenzübungsblatt 3 -
17.05.2011 (für 15.04) Längennormalisiertes Alignment - - -
20.05.2011 Fällt aus - Präsenzübungsblatt 4 -
24.05.2011 (für 20.05) Parametrisches Alignment - - -
27.05.2011 Multiples Alignment - Einführung Blatt 4 Präsenzübungsblatt 5 -
03.06.2011 Der Carrillo-Lipman-Algorithmus Blatt 5 Präsenzübungsblatt 6 -
07.06.2011 (für 24.06) Die Center-Star-Approximation - - -
10.06.2011 Divide and Conquer Alignment Blatt 6 - -
17.06.2011 Baumalignment Blatt 7 Präsenzübungsblatt 7 -
24.06.2011 Fällt aus - - -
01.07.2011 Multiples Alignment in der Praxis Blatt 8 Präsenzübungsblatt 8 -
08.07.2011 Genomalignment Blatt 9 - -
15.07.2011 Repetitorium - - -