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teaching:2013winter:phylogenetik

Phylogenetik

Dr. Roland Wittler
Vorlesung: Montags, 14.15-15.45 Uhr in U10-146\\
Sprechstunde: Donnerstags, 14-15 Uhr und nach Absprache
Büro: U10-145 \\
Übungen: Britta Niemann
Koordination der Übungen: Kai Stadermann, Roland Wittler

Inhalt

Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik. In dieser Vorlesung werden mit klar algorithmischem Schwerpunkt traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Themen werden u.a. sein:

  • Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
  • Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
  • Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
  • Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
  • Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen

Literaturempfehlungen

  • J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
  • R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
  • D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
  • D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
  • M. A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.

Klausur

Montag, 10.2.2014, 14-16 Uhr in H6

Mündliche Prüfungen werden voraussichtlich am Mittwoch, den 2.4.2014 stattfinden.

Auszug aus dem Modulhandbuch: “Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50%) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung. […] Abschlussklausur oder abschließende mündliche Prüfung beziehen sich auf den Stoff der Vorlesung und der Übungen.”

Übungen

Koordination der Übungen: Kai Stadermann, Roland Wittler \\
Die Tutorien beginnen ab der zweiten Semesterwoche, also ab dem 22.10. \\

Dienstag 10-12 U10-146 Britta Niemann
Donnerstag 14-16 V4-106 Britta Niemann

* Bestehensgrenze 50% (siehe “Klausur”)

  • Abgabe zu Beginn der Vorlesung oder vorab bei der Tutorin, beim Tutor oder beim Veranstalter.
  • keine Gruppenabgaben

Übungsaufgaben


Datum Übungsblatt
14.10.2013 Blatt 1
21.10.2013 Blatt 2
28.10.2013 Blatt 3
04.11.2013 Blatt 4
11.11.2013 Blatt 5
18.11.2013 Blatt 6
25.11.2013 Blatt 7
02.12.2013 Blatt 8
09.12.2013 Blatt 9
16.12.2013 Bonuszettel
06.01.2014 Blatt 10
13.01.2014 Blatt 11
20.01.2014 Blatt 12
27.01.2014 Blatt 13
03.02.2014

Phylogenetic Marker Genes

  • Ribosomal protein S12
  • Ribosomal protein S7
  • Ribosomal protein L11
  • Ribosomal protein L1
  • Ribosomal protein L3
  • Ribosomal protein L22
  • Ribosomal protein S3
  • Ribosomal protein L16/L10E
  • Ribosomal protein S17
  • Ribosomal protein L14
  • Ribosomal protein L5
  • Ribosomal protein S8
  • Ribosomal protein L6P/L9E
  • Ribosomal protein L18
  • Ribosomal protein S5
  • Ribosomal protein L15
  • Preprotein translocase subunit SecY
  • Ribosomal protein S13
  • Ribosomal protein S11
  • Ribosomal protein S4 and related proteins
  • DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit/40 kD subunit
  • Ribosomal protein L13
  • Ribosomal protein S2
  • Seryl-tRNA synthetase
  • Leucyl-tRNA synthetase
  • Predicted GTPase, probable translation factor
  • Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha subunit
  • Ribosomal protein S9
  • Ribosomal protein S15P/S13E
  • Metal-dependent proteases with possible chaperone activity
  • Valyl-tRNA synthetase

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teaching/2013winter/phylogenetik.txt · Last modified: 2016/05/12 13:32 by Lukas Pfannschmidt