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teaching:2014winter:sequenzanalyse

Sequenzanalyse, Wintersemester 2014/2015


392105/06 Wittler, Luhmann, Sundermann WS 2014/15 Di 8:30 - 10:00 in H11, Do 8:30 - 9:15 in H11ekvv/ekvv

Kurzbeschreibung

Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist.

In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.

Literatur

  • Das Skript zur Vorlesung: Skript 2014/15
  • Prof. Volker Heun an der TU München hat auch eine gute Skriptsammlung.
  • Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997.
  • Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.

Veranstaltungsdaten

Wir bitten alle Studierende sich im ekvv/ekvv fr Vorlesung und bungen zu registrieren. Dies erleichtert die Organisation der bungsgruppen.

Organisatorisches

  • Die Modulbeschreibung enthält einige Rahmenbedingungen der Veranstaltung.
  • Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50% der Punkte) und aktive Teilnahme in den Tutorien (mindestens zweimal Vorrechnen) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung.
  • Die Übungszettel werden in der Regel wöchentlich in der Vorlesung ausgegeben. Die Abgaben zu den Übungszetteln werden zu Beginn der nächsten Vorlesung eingesammelt oder können vor dieser Vorlesung bei den jeweiligen Tutoren abgegeben werden.
  • Bitte den Tutorientermin bzw. den Tutor, sowie Deinen Namen deutlich auf der Abgabe vermerken. Zettel, die nicht zugeordnet werden können, werden auch nicht bewertet.

Übungen

Beginn ab 15.10.2014 \\

Termin Tutor Raum
Mo, 12-14 Cora U10-146
Mi, 10-12 Lukas C01-148
Do, 10-12 Thomas V4-116
Do, 10-12 Karsten E1-148

Prüfungstermine

1. Klausur: Dienstag, 3.2.15, 8 - 10, H11

2. Klausur: Freitag, 27.3.15, 10 - 12, H11

Übungszettel

Datum Übungszettel Präsenzübungszettel
teaching/2014winter/sequenzanalyse.txt · Last modified: 2016/01/19 12:37 (external edit)