Sequenzanalyse-Praktikum
Übung: | 392012 | Mo. 8-12 oder Mo. 12-16 | Roland Wittler, Linda Sundermann | ekvv oder ekvv |
Inhalt
In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche, lernen aber auch Grundlagen der RNA-Sekundärstrukturvorhersage kennen.
Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.
Anforderungen
Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen.
Halten eines 45-minütigen Vortrags
Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten
Bearbeitung der Übungsaufgaben
Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben (
Beispiel )
Regeln
pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen
-
-
nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe
feststellbare Verbesserung zur letzten Abgabe
Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden.
Zeiten und Räume
Vormittagstermin:
Nachmittagstermin:
Termine
Datum | Thema | Ansprechpartner | Vortragende morgens | Vortragende nachmittags | Zusätzliches Material |
13.04. | 1. Organisation , Anzahl Alignments | Roland | Roland | Roland | Vortragsfolien |
20.04. | 2. BWT in der Praxis | Roland | Roland | Roland | |
27.04. | 3. Score-Matrizen | Roland | Schirin, Benjamin | Michelle | Block 1 , Ergebnisse 1 und Block 2 , Ergebnisse 2 |
04.05. | 4. Datenbanken und Datenformate | Linda | Sarina, Jan | Maria | |
11.05. | 5. Paarweises Alignment in der Praxis 1: Datenbanksuche | Linda | Jasmin, Maryam | Anh Ngan, Anna | |
18.05. | 6. Paarweises Alignment in der Praxis 2: Alignment-Statistik: Datenbanksuche | Linda | Sylvia, Julia | Philipp, Marius | |
25.05. | — | | | | |
01.06. | 7. q-Grams und de Bruijn-Graphen | Roland | (Marie) | Denis | Java-Datei , Beispieleingabe , Musterausgabe |
08.06. | 8. Indexstrukturen | Roland | David | Freddi | Java-Dateien |
15.06. | 9. Multiples Alignment in der Praxis 1: Clustal W | Linda | Tilman, Christian | Sofia | unknown_query.fas |
22.06. | 10. Multiples Alignment in der Praxis 2: T-COFFEE | Linda | Linda | Miriam | haem.fas |
29.06. | 11. Multiples Alignment in der Praxis 3: DIALIGN | Linda | Franzi | Valeria | dialign_sequences.fas |
06.07. | 12. Genom-Browser und Genomalignment | Roland | Hatem | Kajitha | |
13.07. | 13. Strukturelle Variationen | Roland | Roland | Roland | |
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