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teaching:2015summer:sequaprak

Sequenzanalyse-Praktikum


Übung: 392012 Mo. 8-12 oder Mo. 12-16 Roland Wittler, Linda Sundermann ekvv oder ekvv

Inhalt

In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche, lernen aber auch Grundlagen der RNA-Sekundärstrukturvorhersage kennen.
Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.

Anforderungen

Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen.

  • Halten eines 45-minütigen Vortrags
  • Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten
  • Bearbeitung der Übungsaufgaben
  • Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben ( Beispiel )

Regeln

  • pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen
  • Protokolle und Verbesserungen: spätestens Donnerstag um 24:00 per Email (PDF < 3MB an praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de)
  • Ausarbeitungen: spätestens nach zwei Wochen, Montag um 24:00 (PDF an praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de), Verbesserung 2 Wochen nach Rückgabe
  • nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe
  • feststellbare Verbesserung zur letzten Abgabe

Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden.

Zeiten und Räume

Vormittagstermin:

  • 8:45 - 10:00 in U10-146
  • 10:15 - 12:00 im GZI V2-229 (Tutor: Karsten Wüllems)

Nachmittagstermin:

  • 14:00 - 15:15 in U10-146
  • 15:30 - 17:15 im GZI V2-222 (Tutor: Lukas Pfannschmidt)

Termine


Datum Thema Ansprechpartner Vortragende morgens Vortragende nachmittags Zusätzliches Material
13.04. 1. Organisation , Anzahl Alignments Roland Roland Roland Vortragsfolien
20.04. 2. BWT in der Praxis Roland Roland Roland
27.04. 3. Score-Matrizen Roland Schirin, Benjamin Michelle Block 1 , Ergebnisse 1 und Block 2 , Ergebnisse 2
04.05. 4. Datenbanken und Datenformate Linda Sarina, Jan Maria
11.05. 5. Paarweises Alignment in der Praxis 1: Datenbanksuche Linda Jasmin, Maryam Anh Ngan, Anna
18.05. 6. Paarweises Alignment in der Praxis 2: Alignment-Statistik: Datenbanksuche Linda Sylvia, Julia Philipp, Marius
25.05.
01.06. 7. q-Grams und de Bruijn-Graphen Roland (Marie) Denis Java-Datei , Beispieleingabe , Musterausgabe
08.06. 8. Indexstrukturen Roland David Freddi Java-Dateien
15.06. 9. Multiples Alignment in der Praxis 1: Clustal W Linda Tilman, Christian Sofia unknown_query.fas
22.06. 10. Multiples Alignment in der Praxis 2: T-COFFEE Linda Linda Miriam haem.fas
29.06. 11. Multiples Alignment in der Praxis 3: DIALIGN Linda Franzi Valeria dialign_sequences.fas
06.07. 12. Genom-Browser und Genomalignment Roland Hatem Kajitha
13.07. 13. Strukturelle Variationen Roland Roland Roland

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teaching/2015summer/sequaprak.txt · Last modified: 2016/05/12 13:32 by Lukas Pfannschmidt