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teaching:2018winter:sequaprak [2020/02/14 09:07] (current) |
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| + | ====== Sequenzanalyse-Praktikum ====== | ||
| + | | Übung:\\ 392012 | Di. 10-14 oder Mi. 10-14 | Tizian Schulz und Roland Wittler\\ (Tutor: Leonard Bohnenkämper) | [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=133280242|ekvv]] oder [[https://ekvv.uni-bielefeld.de/kvv_publ/publ/vd?id=133280595|ekvv]] | | ||
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| + | ==== Inhalt ==== | ||
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| + | In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung [[http://wiki.techfak.uni-bielefeld.de/gi/Teaching/2018summer/sa|Sequenzanalyse]] vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche, lernen.\\ Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden. | ||
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| + | ==== Anforderungen ==== | ||
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| + | Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen. | ||
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| + | * Halten eines 30 bis 45-minütigen Vortrags | ||
| + | * Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten | ||
| + | * Bearbeitung der Übungsaufgaben | ||
| + | * Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben. | ||
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| + | ==== Regeln ==== | ||
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| + | * pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen | ||
| + | * Erste Abgabe der Protokolle: spätestens Sonntag (für die Dienstags-Gruppe) bzw. Montag (für die Mittwochs-Gruppe) um 24:00 per Email (PDF < 3MB an [[praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de|praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de]]) | ||
| + | * Nachbesprechung erfolgt im Seminar. | ||
| + | * Zweite, finale Abgabe eine Woche später (Zeiten wie oben) | ||
| + | * nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe | ||
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| + | Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden. | ||
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| + | * Ausarbeitungen: spätestens nach zwei Wochen. (PDF an [[praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de|praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de]]), Verbesserung zwei Wochen nach Rückgabe | ||
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| + | ==== Protokollvorlage ==== | ||
| + | Zum Erstellen des Protokolls kann (muss aber nicht!) folgende LaTeX Vorlage verwendet werden: {{:teaching:2018winter:sequaprak:protokollvorlage.zip|ProtokollVorlage.zip}}. Ein beispielhaftes Musterprotokoll findet sich {{:teaching:2018winter:sequaprak:protokoll00.pdf|hier}}. | ||
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| + | ==== Zeiten und Räume ==== | ||
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| + | Dienstag bzw. Mittwoch:\\ | ||
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| + | * 10:15 - 11:45 in U10-146 | ||
| + | * 12:30 - 14:00 in V6-116 (Tutor: Leonard Bohnenkämper) | ||
| + | ==== Termine ==== | ||
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| + | ^ Datum ^ Thema ^ Ansprechpartner ^ Vortragende dienstags ^ Vortragende mittwochs ^ Zusätzliches Material ^ | ||
| + | | 9./10.10. | 1. {{:teaching:2018winter:sequaprak:blatt_anzahl_alignments.pdf|Anzahl Alignments}} | Roland | Roland | Roland | {{:teaching:2018winter:sequaprak:stunde01_organisation.pdf|Organisatorisches, wissenschaftliches Schreiben, etc.}} | | ||
| + | | 16./17.10. | 2. {{:teaching:2018winter:sequaprak:blatt_BWT_Praxis.pdf| BWT in der Praxis}} | Roland | Roland | Roland | | | ||
| + | | 23./24.10. | 3. {{:teaching:2018winter:sequaprak:blatt_Q-Gramme_de_Bruijn.pdf|Q-Gramme und de Bruijn-Graphen}} | Tizian | Pascal | Nick | | | ||
| + | | 30./31.10. | 4. {{:teaching:2018winter:sequaprak:blatt_indexstrukturen.pdf|Indexstrukturen}} | Roland | Sarah | Lucca | | | ||
| + | | 06./07.11. | 5. {{:teaching:2018winter:sequaprak:blatt_scorematrizen.pdf|Score-Matrizen}} | Roland | Marvin | Ina | | | ||
| + | | 13./14.11. | -- | | | | | | ||
| + | | 20./21.11. | 6. {{ :teaching:2018winter:sequaprak:blatt_datenformate_datenbanksuche_blast.pdf | Datenformate und Datenbanksuche mit BLAST }} | Tizian | Pia | Anna | | | ||
| + | | 27./28.11. | 7. {{ teaching:2018winter:sequaprak:blatt_alignment-statistik.pdf | Alignment-Statistik }} | Tizian | | Felix | | | ||
| + | | 04./05.12. | 8. {{ teaching:2018winter:sequaprak:blatt_strukturelle_variationen.pdf | Strukturelle Variationen }} | Roland | | Fabian K. | | | ||
| + | | 11./12.12. | 9. {{ :teaching:2018winter:sequaprak:blatt_differentielle_expression.pdf | Differentielle Expression }} | Tizian | Fabian R. | Alissa | | | ||
| + | | 18./19.12. | -- | | | | | | ||
| + | | 25./26.12. | -- | | | | | | ||
| + | | 01./02.01. | -- | | | | | | ||
| + | | 08./09.01. | 10. {{ :teaching:2018winter:sequaprak:blatt_clustal_omega.pdf | Multiples Alignment }} | Tizian | | Jannis | | | ||
| + | | 15./16.01. | 11. {{ :teaching:2018winter:sequaprak:blatt_phylogenetische_analyse.pdf | Phylogenetische Analyse }} | Roland | | Christine | | | ||
| + | | 22./23.01. | 12. {{ :teaching:2018winter:sequaprak:blatt_genombrowser_genomalignment.pdf | Genome-browser und Genomalignment }} | Tizian | | Michael | | | ||
| + | | 29./30.01. | 13. {{ :teaching:2018winter:sequaprak:blatt_rna-faltung.pdf | RNA-Faltung }} | Tizian | | | | | ||
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| + | Lösungen der Übungsaufgaben schicken an: [[praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE|praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE]] | ||
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| + | Back to [[teaching:|Teaching]] | ||
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