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teaching:2019winter:sequaprak

Sequenzanalyse-Praktikum

Übung:
392012
Di. 10-14 oder Mi. 10-14 Tizian Schulz und Roland Wittler
(Tutor: Leonard Bohnenkämper)
ekvv oder ekvv

Inhalt

In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche.
Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.

Anforderungen

  • Halten eines 30 bis 45-minütigen Vortrags
  • Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten
  • Bearbeitung der Übungsaufgaben (in Zweiergruppen)
  • Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben (in Zweiergruppen).

Regeln

  • pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen
  • Erste Abgabe der Protokolle: spätestens Sonntag (für die Dienstags-Gruppe) bzw. Montag (für die Mittwochs-Gruppe) um 24:00 per Email (PDF < 3MB an praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de)
  • Nachbesprechung erfolgt im Seminar.
  • Zweite, finale Abgabe eine Woche später (Zeiten wie oben)
  • nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe

Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden.

Protokollvorlage

Zum Erstellen des Protokolls kann (muss aber nicht!) folgende LaTeX Vorlage verwendet werden: ProtokollVorlage.zip. Ein beispielhaftes Musterprotokoll findet sich hier.

Zeiten und Räume

Dienstag bzw. Mittwoch:

  • 10:15 - 11:45 in U10-146
  • 12:30 - 14:00 in V6-116 (Tutor: Leonard Bohnenkämper)

Termine

Datum Thema Ansprechpartner Vortragende dienstags Vortragende mittwochs Zusätzliches Material
08./09.10. 1. Anzahl Alignments Roland Organisatorisches und Hinweise zum wissenschaftlichen Schreiben
15./16.10. Besprechung Blatt 1 & Wissenschaftliches Schreiben (nur vormittags) s.o.
22./23.10. – (weder vor- noch nachmittags)
29./30.10. 2. BWT in der Praxis Roland Rebecca Julia und Fabian
05./06.11. 3. Q-Gramme und de Bruijn-Graphen Tizian Ivan Lukas
12./13.11. 4. Indexstrukturen Roland Jana Leonie
19./20.11. 5. Datenformate (a) und Datenbanksuche mit BLAST (b) Tizian Dominik (a) und Anna (b) Mila (a) und Tizian (b)
26./27.11. 6. Score-Matrizen Roland Roland Matthias
03./04.12. 7. Alignment-Statistik Tizian Aya Franzi
10./11.12. 8. Strukturelle Variationen Roland Isabel Ole
17./18.12. 9. Differentielle Expression Tizian Leane Enna
24./25.12.
31.12./01.01.
07./08.01. 10. Multiples Alignment Tizian Huyen Marco
14./15.01. 11. Genombrowser (a) und Genomalignment (b) Roland Pauline (a) und Ann-Cathrin (b) Marcel (a) und Luna (b)
21./22.01. 12. Phylogenetische Analyse Roland N.N. Claudia
28./29.01. 13. RNA-Faltung Tizian Jonas Presian

Lösungen der Übungsaufgaben schicken an: praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE

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teaching/2019winter/sequaprak.txt · Last modified: 2019/12/04 11:33 by Tizian Schulz