Sequenzanalyse-Praktikum

Übung:
392012
Di. 10-14 oder Mi. 10-14 Tizian Schulz und Roland Wittler
(Tutorin: Rebecca Katharina Pfeil)
ekvv oder ekvv

Inhalt

In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche.
Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.

Anforderungen

  • Halten eines 30 bis 45-minütigen Vortrags
  • Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten
  • Bearbeitung der Übungsaufgaben (in Zweiergruppen)
  • Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben (in Zweiergruppen).

Regeln

  • pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen
  • Erste Abgabe der Protokolle: spätestens Sonntag (für die Dienstags-Gruppe) bzw. Montag (für die Mittwochs-Gruppe) um 24:00 per Email (PDF < 3MB an praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de)
  • Nachbesprechung erfolgt im Seminar.
  • Zweite, finale Abgabe eine Woche später (Zeiten wie oben)
  • nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe

Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden.

Protokollvorlage

Zum Erstellen des Protokolls kann (muss aber nicht!) folgende LaTeX Vorlage verwendet werden: ProtokollVorlage.zip. Ein beispielhaftes Musterprotokoll findet sich hier.

Zeiten

Dienstag bzw. Mittwoch:

  • 10:15 - 11:45 via Zoom
  • 12:30 - 14:00 via Zoom (Tutorin: Rebecca Katharina Pfeil)

ZOOM ID: 94944556000 https://uni-bielefeld.zoom.us/j/94944556000

Passcode:

Einstiegsaufgaben

Diese Aufgaben dienen eurer Vorbereitung und erleichtern euch den Einstieg ins Praktikum. Nutzt die verbleibende Zeit löst diese Aufgaben. Die Lösungen werden in späteren Aufgaben wiederverwendet / modifiziert / weiter ausgebaut.


Wir besprechen die Lösungen im Vorbereitungstreffen am 20.10. Eine vorige Abgabe ist nicht erforderlich.


Beispiel-Fasta-Datei

Programmier-Aufgabe

Schreibt ein kleines Programm (Programmierspache eurer Wahl), dass von der Kommandozeile aus aufgerufen werden kann, eine Multiple-FASTA-Datei einliest (Dateiname als Argument ans Programm übergeben), und die Längen (sonst nichts) der enthaltenen Sequenzen auf der Konsole ausgibt.

Beispiel-Ausgabe:

 711
 284
 364
 429
 151

Unix-Aufgabe

Überprüft, ob eine Multiple-FASTA-Datei Sequenz-Bezeichner enthält, die mehrfach vorkommen. Verwendet hierzu Kommandozeilen-Tools wie grep, sort und uniq, welche ihr entsprechend mittels Pipes (|) verbindet, so dass ein einziger Aufruf entsteht.

Beispiel-Ausgabe:

 2 > Sequenz_B

Oder zumindest:

 2 > Sequenz_B
 1 > Sequenz_A
 1 > Sequenz_C
 1 > Sequenz_D

Termine

Datum Thema Ansprechpartner Vortragende dienstags Vortragende mittwochs Zusätzliches Material
20.10. 10:15 Uhr: Vorbereitungstreffen (für Dienstags- und Mittwochs-Gruppe)
27./28.10. Themenvergabe, 1. Zettel N.N.
03./04.11. Besprechung 1. Zettel, nachmittags nur Daddeln
10./11.11. 2. Zettel
17./18.11.
24./25.11.
01./02.12.
08./09.12.
15./16.12.
22./23.12.
29./30.12.
05./06.01.
12./13.01.
19./20.01.
26./27.01.
02./03.02.
09./10.02.

Lösungen der Übungsaufgaben schicken an: praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE

Back to Teaching