Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist.
In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.
Abgabeschluss der wöchentlichen Übungsaufgaben ist jeweils Donnerstag 12:00 Uhr. Gleichzeitig wird ein neuer Übungszettel auf dieser Seite veröffentlicht werden. Abgaben müssen direkt per E-mail an die jeweilige Tutorin geschickt werden.
Woche | Datum | Thema | Abschnitt im Skript | Übungszettel | Präsenzübungszettel |
14 | 05./07.04.2022 | Di: Einleitung, Logistik Do: Grundlagen | 1 2 | Blatt 01 | Präsenzblatt 01 |
15 | 12./14.04.2022 | Di: Metriken auf Sequenzen Do: Berechnung der Edit-Distanz | 3.1-3.5 3.6 | Blatt 02 | Präsenzblatt 02 |
16 | 19./21.04.2022 | Di: q-Gramm-Distanz Do: Maximal-Matches-Distanz | 3.7 3.8-3.9 | Blatt 03 | Präsenzblatt 03 |
17 | 26.04.2022 | Di: Paarweises Sequenzalignment Do: – | 4.1-4.4 – | Blatt 04 | Präsenzblatt 04 |
18 | 03./05.05.2022 | Di: Alignment-Varianten, Gapkosten Do: Suboptimale Lokale Alignments | 4.5-4.6 5.1 | Blatt 05 | Präsenzblatt 05 |
19 | 10./12.05.2022 | Di: Approximative Textsuche, Hirschberg-Algorithmus Do: Paarweises Alignment in der Praxis | 5.2-5.4 6 | Blatt 06 | Präsenzblatt 06 |
20 | 17./19.05.2022 | Di: Suffixbäume: Definition, WOTD-Algorithmus Do: Anordnungen von Suffixbäumen I | 7.1-7.6 7.7.1-7.7.2 | ||
21 | 24.05.2022 | Di: Anwendungen von Suffixbäumen II Do: – | 7.7.3-7.7.4 – | ||
22 | 31.05.2022 | Di: Suffix-Arrays Do: – | 8 – | ||
23 | 07./09.06.2022 | Di: Burrows-Wheeler-Transformation Do: Multiples Sequenzanlignment: Definitionen | 9 10 | ||
24 | 14.06.2022 | Di: Algorithmen für Multiples Alignment I Do: – | 11.1-11.3 – | ||
25 | 21.06.2022 | Di: Algorithmen für Multiples Alignment II Do: – | 11.4-11.5 – | ||
26 | 28.06.2022 | Di: Baumalignment, Genomalignment Do: – | 12-13 – | ||
27 | – | Di: – Do: – | – – | ||
28 | 12./14.07.2022 | Di: Wiederholung Do: Klausur | – – | |