Phylogenetik

Dr. Roland Wittler
M.Sc. Leonard Bohnenkämper
Vorlesung: donnerstags, 10.15-11.45 Uhr, U10-146
Übungen: freitags, 14.15-15.45 Uhr, U10-146

Lernraum

Hier wird ein PDF des Vorlesungsskripts, Übungsaufgaben und ggf. zusätzliches Material bereitgestellt:

Link zum Lernraum

Inhalt

Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik und umfasst ein großes Repertoire an algorithmischen Problemstellungen und Lösungstechniken. In dieser Vorlesung werden traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Dabei liegt ein klarer Schwerpunkt auf der algorithmischen Problembehandlung, welche über die Phylogenetik hinaus Anwendung finden:

  • Graphentheorie
  • Dynamische Programmierung
  • Komplexitätsanalyse
  • Clusteringverfahren
  • Maximum Likelihood

Themen werden u.a. sein:

  • Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
  • Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
  • Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
  • Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
  • Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen

Vorlesungsskript

Siehe Lernraum.

Literaturempfehlungen

  • J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
  • R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
  • D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
  • D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
  • M. A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.

Prüfungsleistung

Auszug aus dem Modulhandbuch: “Portfolio aus Übungsaufgaben, die veranstaltungsbegleitend […] und Abschlussklausur (90 min) oder mündlicher Abschlussprüfung (15-25 min). Die Übungsaufgaben ergänzen und vertiefen den Inhalt der Vorlesung. Mitarbeit in den Übungsgruppen (Zweimaliges Vorrechnen von Übungsaufgaben nach Aufforderung). […] Nachweis einer ausreichenden Zahl korrekt gelöster Übungsaufgaben (in der Regel 50% der im Semester für das Lösen der Aufgaben erzielbaren Punkte). Die Abschlussprüfung bezieht sich auf den Inhalt der Vorlesung und der Übung und dient der Bewertung.”

Prüfung

Klausur am Ende des Semesters. Termin wird noch bekannt gegeben. Termine für zweite Versuche (mündl. Prüfung) nach Vereinbarung.

Übungen

Das Tutorium beginnt in der zweiten Vorlesungswoche.

  • Übungszettel werden im Lernraum bereitgestellt
  • Abgabe über Lernraum bis 10:00 am Tag der Vorlesung / physisch in der Vorlesung
  • Besprechung in derselben Woche
  • keine Gruppenabgaben
  • Bestehensgrenze 50% (siehe “Prüfung”)




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