Sequenzanalyse-Praktikum

Übung:
392012
Di. 10-14 Tizian Schulz und Roland Wittler
(Tutorin: Lisa Hils)
ekvv

Inhalt

In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche.
Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.

Anforderungen

  • Halten eines 30 bis 45-minütigen Vortrags
  • Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten
  • Bearbeitung der Übungsaufgaben (in Zweiergruppen)
  • Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben (in Zweiergruppen).

Regeln

  • pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen
  • Erste Abgabe der Protokolle: spätestens Sonntag (für die Dienstags-Gruppe) bzw. Montag (für die Mittwochs-Gruppe) um 24:00 per Email (PDF < 3MB an praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de)
  • Nachbesprechung erfolgt im Seminar.
  • Zweite, finale Abgabe eine Woche später (Zeiten wie oben)
  • nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe

Unvollständige Erstabgaben und inhaltliche Fehler in der Zweitabgabe führen zu einer “gelben Karte”. Nicht erfolgte Abgaben, unvollständige oder anderweitig inakzeptable Zweitabgaben führen zu einer “roten Karte”. Zwei gelbe Karten zählen wie eine rote Karte. Es dürfen maximal drei rote (bzw. zwei rote und zwei gelbe, eine rote und vier gelbe oder sechs gelbe) Karten gesammelt werden. (Bitte nicht einschüchtern lassen. Dieses Vorgehen soll nur als “Notbremse” dienen.)

Protokollvorlage

Zum Erstellen des Protokolls kann (muss aber nicht!) folgende LaTeX Vorlage verwendet werden: ProtokollVorlage.zip. Ein beispielhaftes Musterprotokoll findet sich hier.

Zeiten

Dienstag, 4.10., 10:15, V6-116: Vorbesprechung

Dienstag:

  • 10:00 - 11:30, U10-146
  • 12:30 - 14:00, V6-116 (Tutorin: Lisa Hils)

Termine

Datum Thema Ansprechpartner Vortragende*r Zusätzliches Material
Dienstag, 4.10., 10 c.t., V6-116 Vorbesprechung
11.10. Themenvergabe, 1. Anzahl Alignments Tizian Tizian Orga-Slides
18.10. entfällt
25.10. 2. Q-gramme und de Bruijn-Graphen Tizian Melissa Hinweise zu Vorträgen und Ausarbeitungen
01.11. Feiertag (Abgaben bis Donnerstagabend, 3.11.)
08.11. 3. Indexstrukturen Roland Niclas
15.11. 4. Multiples Alignment Roland Malte
22.11. 5. Phylogenetische Analyse Roland Lennart
29.11. 6. BWT in der Praxis Roland Mikey
06.12. 7. Strukturelle Variationen Roland Fabian
13.12. 8. Differentielle Expression Roland Louisa
20.12. 9. Score-Matrizen Roland Roland
Weihnachstpause
10.01. 10. Datenformate und Datenbanksuche mit BLAST Tizian Dominik
17.01. 11. Alignment-Statistik Tizian Paul
24.01. 12. Genombrowser und Genomalignment Tizian Tizian
31.01. 13. RNA-Faltung Tizian Jamie

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