Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Genome und Proteine, Webseiten, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist.

In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.

• Das Skript zur Vorlesung: Sequenzanalyse-Skript
• Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997.
• Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.

• Die Modulbeschreibung enthält einige Rahmenbedingungen der Veranstaltung.
• Zur Teilnahme an der Vorlesung und Klausur sind diejenigen berechtigt, welche die A&D-Klausur bestanden haben oder im WS2023/24 zur A&D-Klausur zugelassen waren. Ansonsten bitte Rücksprache.
• Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50% der Punkte) und aktive Teilnahme in den Tutorien (mindestens zweimal Vorrechnen) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung.

Abgabeschluss der wöchentlichen Übungsaufgaben ist jeweils Donnerstag 12:00 Uhr. Gleichzeitig wird ein neuer Übungszettel auf dieser Seite veröffentlicht werden. Abgaben müssen direkt per E-mail an den*die jeweilige*n Tutor*in geschickt werden.

1. Klausur: Termin wird nach Rücksprache am Anfang des Semesters bekanntgegeben.
2. Zweitprüfung (mündlich): im März 2025, U10-147. Termin bitte im Sekretariat bei Nicole Schellenberg vereinbaren.