Sequenzanalyse, Wintersemester 2024/25


392105/06A,06B Stoye, Bohnenkämper Winter 2024/25 Di 10-12 und Do 10-12, U10-146

Kurzbeschreibung

Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Genome und Proteine, Webseiten, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist.

In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.

Literatur

  • Das Skript zur Vorlesung: Sequenzanalyse-Skript
  • Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997.
  • Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.

Organisatorisches

  • Die Modulbeschreibung enthält einige Rahmenbedingungen der Veranstaltung.
  • Zur Teilnahme an der Vorlesung und Klausur sind diejenigen berechtigt, welche die A&D-Klausur bestanden haben oder im WS2023/24 zur A&D-Klausur zugelassen waren. Ansonsten bitte Rücksprache.
  • Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50% der Punkte) und aktive Teilnahme in den Tutorien (mindestens zweimal Vorrechnen) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung.

Übungen

Abgabeschluss der wöchentlichen Übungsaufgaben ist jeweils Donnerstag 10:00 Uhr. Gleichzeitig wird ein neuer Übungszettel auf dieser Seite veröffentlicht werden. Abgaben müssen direkt per E-mail an den*die jeweilige*n Tutor*in geschickt werden.

Termin Tutor*in eKVV
Di 16-18, U10-146 Leonard Bohnenkämper Übungen A
Mo 10-12, U4-120 Lennart Finke Übungen B

Für diejenigen, die die Abgaben mit Latex machen wollen, haben wir hier eine Vorlage: vorlage.zip

Prüfungstermine

  1. Klausur: 28.1.2025, 10:15 Uhr in H9. Bitte im eKVV in den Stundenplan aufnehmen.
  2. Zweitprüfung (mündlich): im März 2025 in U10-147. Termin bitte im Sekretariat bei Nicole Schellenberg vereinbaren.

Übungszettel

Woche Datum Abschnitt im Skript Übungszettel Präsenzübungszettel
41 08./10.10.2024 Di: –
Do: –
42 15./17.10.2024 Di: 1
Do: 2

Blatt 01

Präsenzblatt 01
43 22./24.10.2024 Di: 3.1-3.5
Do: 3.6

Blatt 02

Präsenzblatt 02
44 29./31.10.2024 Di: 3.7
Do: 3.8-3.9

Blatt 03

Präsenzblatt 03
45 05./07.11.2024 Di: 4.1-4.4
Do: 4.5-4.6

Blatt 04

Präsenzblatt 04
46 12./14.11.2024 Di: 5.1-5.2
Do: 5.3-5.4

Blatt 05

Präsenzblatt 05
47 19./21.11.2024 Di: 6
Do: –

Blatt 06

Präsenzblatt 06
48 26./28.11.2024 Di: 7.1-7.6
Do: –

Blatt 07

Präsenzblatt 07
49 03./05.12.2024 Di: –
Do: 7.7.1-7.7.2

Blatt 08

Präsenzblatt 08
50 10./12.12.2024 Di: –
Do: 7.7.3-7.7.4

Blatt 09

-
51 17./19.12.2024 Di: 8
Do: 9
Blatt 10
Bonuszettel

Altklausur (s. Mail für Bemerkungen!)
Winterpause
02 07./09.01.2025 Di: 10.1-10.4, (10.5)
Do: 11.1-11.3

Blatt 11

Präsenzblatt 11
03 14./16.01.2025 Di: 11.4-11.5
Do: 12

Blatt 12
04 21./23.01.2025 Di: 13
Do: Wiederholung
05 28./30.01.2025 Di: Klausur
Do: –