Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Genome und Proteine, Webseiten, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist.

Diese Vorlesung vertieft die Kenntnisse zu Algorithmen und Datenstrukturen für die Sequenzanalyse und deren Anwendungen vornehmlich in der Bioinformatik, die im Rahmen des Kurses “Sequenzanalyse 1” vermittelt wurden. Ein stärkerer Fokus noch als im ersten Kurs liegt dabei auf der (programmier-) praktischen Umsetzung und dem Sammeln von Erfahrungen im Umgang mit typischen Sequenzanalyse-Werkzeugen.

• Das Skript zur Vorlesung: TBA
• Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997.
• Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.

• Die Modulbeschreibung enthält einige Rahmenbedingungen der Veranstaltung.
• Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50% der Punkte) und aktive Teilnahme in den Tutorien (mindestens zweimal Vorrechnen) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung.

Abgabeschluss der wöchentlichen Übungsaufgaben ist jeweils Donnerstag 09:30 Uhr. Gleichzeitig wird ein neuer Übungszettel auf dieser Seite veröffentlicht werden. Abgaben müssen direkt per E-mail an den*die jeweilige*n Tutor*in geschickt werden.

Für diejenigen, die die Abgaben mit Latex machen wollen, haben wir hier eine Vorlage: vorlage.zip

Repository für praktische Übungen: https://gitlab.ub.uni-bielefeld.de/lbohnenkaemper/sqa-ex

1. Klausur: TBA, XX:XX Uhr in Raum TBA. Bitte im eKVV in den Stundenplan aufnehmen.
2. Zweitprüfung (mündlich): im September 2026 in U10-147. Termin bitte per E-Mail vereinbaren.