• Alphabet auswaehlen √ (Rolf)
• ~Alphabet eingeben (NewAlphabetPage √ (Rolf)
• rootsequence(s)/organisms √ (Rolf)
• ~durchschnittliche sequenzlaenge √ (Rolf)
• Auftrittswahrscheinlichkeiten der characters eingeben
• ~Auftrittswahrscheinlichkeiten der characters auswaehlen
• Newick tree T eingeben
• ~Sequenzdistanz eingeben → tree erzeugen
• Sequenz per Hand annotieren
• Für Root Annotation folgende Wahrscheinlichkeiten:
  • Verhaeltnis der Evopls untereinander (inv:subs:ins:dels…) (nur für evopls-track)
  • substitutionsmatrix auswaehlen: Alphabet x Alphabet
  • substitutionsmatrix eingeben: Alphabet x Alphabet
  • Annotation x Annotation Rearrangement Wahrscheinlichkeitsmatrix
  • Insertionswahrscheinlichkeiten √ (Rolf)
  • Deletionswahrscheinlichkeiten √ (Rolf)
  • insertion / deletion probability functions (Laenge) √ (Rolf)

  mutation probability likelihood vector (bleibt für annotation gleich) spezifiziert, mit welcher Wahrscheinlichkeit mutiert wird (conserved regions) 
  out: Alignment der Sequenzen 

• Gegeben Kantenlaenge, Sequenz (+ Eigenschaften) → Evolviere Sequenz bzgl. Kantenlaenge
  • Evolviere Sequenz bzgl. Annotationen
    • Evolviere Annotation:
    • Substitution(en)
      • Gegeben: Annotation, Substitutionstabelle/Magictable (?)
      • Verarbeitung: Entlang Sequenz der Annotation character mithilfe der Tabelle substitutieren
      • Ergebnis: neue Sequenz

      Deletion(en) 
      * Gegeben: //neue// Sequenz aus dem Schritt davor, Deletionswahrscheinlichkeit und Laengendistribution der Deletionen dieser Annotation 
      * Verarbeitung:  
        * Position bestimmen.  
        * Maximale Laenge ermitteln.  
        * Laenge bestimmen. 

        Ergebnis: //neuere// Sequenz ohne deletiertem Bereich 

      Insertionen(en) 
      * Gegeben: //neuere// Sequenz nach der Deletion, Insertionswahrscheinlichkeit und Laengendistribution dieser Annotation 
      * //feststellen ob Ins oder nicht// 
        * wenn Ins:  
          * Position bestimmen 
          * die Länge bestimmen 
          * chars pro Position bestimmen und einfügen und der Annotation begreiflich machen, dass die chars ihr gehören. 

          wenn keine Ins: mit nächster Annotation fortfahren 

        Ergebnis: //neueste// Sequenz mit Insertion(en) 

• Controller erstellen √
• Controller ruft Mutatoren auf √
• Evoperations aufrufen (Controller) √
• Rearrangements auswählen √
• Interface für Rearrangement Mutatoren √
• Rearrangement Mutator für Deletion √
• Rearrangement Mutator für Transposons √
• Rearrangement Mutator für Duplikation √
• Rearrangement Mutator für Translokation √
• Rearrangement Mutator für Inversion √
• Rearrangement Mutator für k-cut&join X
• Wahrscheinlichkeiten für Mutatoren ins RoseData Interface schreiben (setter) √
• Rearrangements loggen √
• Organismen, Sequenzen und Buchstaben tiefenkopierbar √
• Controller durchläuft Baum √
• cut- und join- Operationen √
• Rearrangements abhängig von Annotationen √
• Prozentangabe an die GUI senden √
• alles durchtesten √
• Logger überarbeiten und Output definieren X
• Annotationen mit Input verzahnen X
• Endpositionen nach Verteilung auswählen X

über 80% √

• Automaton Modell definieren √
• Automaton Schnittstellen definieren & implementieren√
• Automaton fuer Character-Basierte Evolution erstellen √/X
• Automaton Controller erstellen √/X
• Join Automata √
• Import von konkreten Automata erstellen X
• Schnittstelle zum User Interface herstellen X
• Konkrete Automata fuer verschiedene Annotationen erstellen X

knapp 50% √