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teaching:2009winter:algogefo

Algorithmen in der Genomforschung


392109/392110 Marília Braga, Jens Stoye Winter 2009/2010 Fr 10:15-11:45/Fr 8:45-10:15 ekvv/ekvv

Contents:

Die funktionelle Analyse molekularer Genomdaten ist eine der großen Herausforderungen an die Bioinformatik. In dieser Veranstaltung werden die Grundlagen für bioinformatische Techniken in der Genomforschung behandelt. Hierunter fallen Algorithmen zur Genomkartierung und -assemblierung, Methoden zur funktionellen Genomannotation, insbesondere Genvorhersage und -funktionsbestimmung, Verfahren zur Analyse von DNA-Microarrays und Massenspektren, Methoden und Modelle zur Proteinstrukturvorhersage sowie Algorithmen zum Vergleich zweier oder mehrerer Genome.

Literature:

D. W. Mount. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001.

The page AlgGRLiterature contains many links to the original literature.

Time table:

Date Topic Exercises
16.10.2009 Introduction, logistics (none)
23.10.2009 23 SNP-disease associations Number 1
30.10.2009 20 Genome rearrangement I (M. Braga) Number 2
06.11.2009 20 Genome rearrangement II (M. Braga) Number 3
13.11.2009 20 Genome rearrangement III (M. Braga) Number 4
20.11.2009 20 Genome rearrangement IV (M. Braga) Number 5
27.11.2009 04 Genome assembly I: traditional assembly Number 6
04.12.2009 05 Genome assembly II: HTS assembly Number 7
11.12.2009 12 Transcriptomics I: mRNA analysis Number 8
18.12.2009 12.5 Transcriptomics II: microarray design Number 9
08.01.2010 13 Transcriptomics III: microarray analysis Number 10
15.01.2010 15 Computational Proteomics I: comparison of 2D gels Number 11
22.01.2010 16 Computational Proteomics II: mass spectrometry (peptide sequencing, PMF) Number 12
29.01.2010 24 Computational Metagenomics I Number 13
05.02.2010 Q&As

Organisational Matters:

Together with the practical course “Bioinformatische Anwendungen in der Genomforschung” in the following summer semester, this lecture forms the master module Algorithms in Genome Research.
The exercises will not be corrected or graded, but presence and activity during the exercise hours is expected. Credit points will be given based on an oral exam at the end of the semester.

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teaching/2009winter/algogefo.txt · Last modified: 2016/10/20 21:50 by Jens Stoye