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teaching:2013summer:sequaprak

Sequenzanalyse-Praktikum


Übung: 392012 Fr. 8-12 oder Fr. 12-16 Stefan Janssen, Jens Stoye, Linda Sundermann ekvv oder ekvv

Inhalt

In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche, lernen aber auch Grundlagen der RNA-Sekundärstrukturvorhersage kennen.
Im ersten Teil der Übung halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil der Übung dann praktisch beschäftigen werden.

Anforderungen

Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen.

  • Halten eines 45-minütigen Vortrags
  • Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten
  • Bearbeitung der Übungsaufgaben
  • Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben ( Beispiel )

Regeln

Gültig ab: 24.05.2013

  • pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen
    • Protokolle und Verbesserungen: spätestens nach einer Woche Mittwoch um 23:59
    • Ausarbeitungen: spätestens nach zwei Wochen Freitag um 23:59
  nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe (Ausnahme: vorherige Absprache) 
  feststellbare Verbesserung zur letzten Abgabe 

Nicht Erfüllen der Regeln führt zu einem Minuspunkt. Es dürfen maximal zwei Minuspunkte erreicht werden. Zum Ende des Kurses müssen alle Protokolle vollständig und zufriedenstellend bearbeitet worden sein. Die Ausarbeitung muss abgegeben und eventuell verbessert worden sein.

Zeiten und Räume

Vormittagstermin:

  • 8:45 - 10:00 in U10-146
  • 10:15 - 12:00 im GZI V2-229

Nachmittagstermin:

  • 12:45 - 14:00 in U10-146
  • 14:15 - 16:00 im GZI V2-234

Termine


Datum Thema Ansprechpartner Vortragende morgens Vortragende nachmittags Zusätzliches Material
12.04. 1. Organisation , Anzahl Alignments Linda Linda Linda
19.04. 2. BWT in der Praxis Jens St. Jens St. Jens St.
26.04. 3. Primer Design Jens St. Stefanie Kai, Maximilian
03.05. 4. Score-Matrizen Stefan Tillmann Jens, Marten Beispiel BLOCK , korrekte Beispielausgabe , 2. Beispiel BLOCK , korrekte 2. Beispielausgabe
10.05. 5. q-Grams und de Bruijn-Graphen Linda Alexander Sven Edit-Distanz und Rank-Funktion
17.05. 6. Paarweises Alignment in der Praxis 1 : Datenbanken, Datenformate Stefan Patrick Philipp, Jana Erratum Nature
24.05. 7. Paarweises Alignment in der Praxis 2 : Datenbanksuche Stefan Sascha Julian, Dominik W.
31.05. 8. Paarweises Alignment in der Praxis 3: Alignment-Statistik Linda Thomas Martina, Aron Seq.fas
07.06. 9. Multiples Alignment in der Praxis 1: Clustal W Linda Sarah Karsten, Lukas unknown_query.fas
14.06. 10. Multiples Alignment in der Praxis 2: T-COFFEE Linda Maximilian Ramona, Aylin haem.fas
21.06. 11. Multiples Alignment in der Praxis 3: DIALIGN Jens St. Jens St. Jan, Olga
28.06. 12. Genom-Browser/<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Genomalignment Jens St.\\Jens St. Jens St.\\Jens St. Marco, Kevin\\Kim, Tizian
05.07. 13. RNA-Sekundärstrukturen 1 : Grundlagen und Nussinov Stefan Stefan Anatoli, Maxim Hinweis zur Aufgabenstellung
12.07. 14. RNA-Sekundärstrukturen 2 : Strukturvergleich Stefan Mika Dominik G., Nicole Since the webserver for plan D is currently down, instead use the command /homes/sjanssen/bin/pland.sh FILE, where FILE is the file containing the 20 tRNA sequences as alignment.
19.07.\\verschoben auf 28.6. Genomalignment: MUMmer, MAUVE

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teaching/2013summer/sequaprak.txt · Last modified: 2016/05/12 13:32 by Lukas Pfannschmidt