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teaching:2014winter:phylogenetik

Phylogenetik

Dr. Roland Wittler
Vorlesung: Mitwochs, 10.15-11.45 Uhr in U10-146\\
Sprechstunde: nach Vereinbarung
Büro: U10-145
Übungen: Siehe unten.
Koordination der Übungen: Roland Wittler, Kevin Lamkiewicz

Inhalt

Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik. In dieser Vorlesung werden mit klar algorithmischem Schwerpunkt traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Themen werden u.a. sein:

  • Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
  • Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
  • Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
  • Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
  • Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen

Literaturempfehlungen

  • J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
  • R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
  • D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
  • D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
  • M. A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.

Klausur

02.02.2015, 8-10, H6 (Wird auf 10-12 verschoben, wenn für den Zeitraum ein Raum gefunden wird.)
23.2.2015 (und ggf. 24.2.): mündliche Prüfungen. Details und Terminvergabe nach erster Klausur…

Auszug aus dem Modulhandbuch: “Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50%) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung. […] Abschlussklausur oder abschließende mündliche Prüfung beziehen sich auf den Stoff der Vorlesung und der Übungen.”

Übungen

Koordination der Übungen: Roland Wittler, Kevin Lamkiewicz \\
Die Tutorien beginnen ab der zweiten Semesterwoche. \\

Jens Schulz Mo 10-12 V4-106 ekvv
Dominik Gründing Do 12-14 U10-146 ekvv

* Bestehensgrenze 50% (siehe “Klausur”)

  • Abgabe zu Beginn der Vorlesung oder vorab bei der Tutorin, beim Tutor oder beim Veranstalter.
  • keine Gruppenabgaben

Übungsaufgaben


Datum Übungsblatt
08.10.2014 Blatt 1
15.10.2014 Blatt 2
22.10.2014 Blatt 3
29.10.2014 Blatt 4
05.11.2014 Blatt 5
12.11.2014 Blatt 6
19.11.2014 Blatt 7
26.11.2014 Blatt 8
03.12.2014 Blatt 9
10.12.2014 — ausgefallen —
17.12.2014 Bonuszettel
07.01.2015 Blatt 10
14.01.2015 — ausgefallen —
21.01.2015 Blatt 11 Hinweise zur Abgabe beachten!
28.01.2015 Blatt 12 Null Punkte. Lösung

Phylogenetic Marker Genes

  • Ribosomal protein S12
  • Ribosomal protein S7
  • Ribosomal protein L11
  • Ribosomal protein L1
  • Ribosomal protein L3
  • Ribosomal protein L22
  • Ribosomal protein S3
  • Ribosomal protein L16/L10E
  • Ribosomal protein S17
  • Ribosomal protein L14
  • Ribosomal protein L5
  • Ribosomal protein S8
  • Ribosomal protein L6P/L9E
  • Ribosomal protein L18
  • Ribosomal protein S5
  • Ribosomal protein L15
  • Preprotein translocase subunit SecY
  • Ribosomal protein S13
  • Ribosomal protein S11
  • Ribosomal protein S4 and related proteins
  • DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit/40 kD subunit
  • Ribosomal protein L13
  • Ribosomal protein S2
  • Seryl-tRNA synthetase
  • Leucyl-tRNA synthetase
  • Predicted GTPase, probable translation factor
  • Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha subunit
  • Ribosomal protein S9
  • Ribosomal protein S15P/S13E
  • Metal-dependent proteases with possible chaperone activity
  • Valyl-tRNA synthetase

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teaching/2014winter/phylogenetik.txt · Last modified: 2016/09/21 10:06 by Roland Wittler