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Sequenzanalyse-Praktikum

Übung: 392012 Di. 10-14 oder Mi. 10-14 Jens Stoye, Daniel Dörr, Tizian Schulz ekvv oder ekvv

Inhalt

In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche, lernen.
Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.

Anforderungen

Die Bearbeitung erfolgt in Zweiergruppen.

  • Halten eines 45-minütigen Vortrags
  • Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten
  • Bearbeitung der Übungsaufgaben
  • Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben.

Regeln

  • pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen
  • Erste Abgabe der Protokolle: spätestens Sonntag (für die Dienstags-Gruppe) bzw. Montag (für die Mittwochs-Gruppe) um 24:00 per Email (PDF < 3MB an praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de)
  • Nachbesprechung erfolgt im Seminar.
  • Zweite, finale Abgabe eine Woche später (Zeiten wie oben)
  • nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe

Nicht-Erfüllen der Regeln führt zu einem Fehlversuch. Es dürfen maximal drei Fehlversuche gesammelt werden.

Protokollvorlage

Zum Erstellen des Protokolls kann (muss aber nicht!) folgende LaTeX Vorlage verwendet werden: ProtokollVorlage.zip (Englische Version: ProtokollVorlageEN.zip). Ein beispielhaftes Musterprotokoll findet sich hier.

Zeiten und Räume

Dienstag:

  • 10:15 - 11:45 in U10-146
  • 12:30 - 14:00 in V6-116 (Tutor: Jens Schulz)

Mittwoch:

  • 10:15 - 11:45 in U10-146
  • 12:15 - 13:45 in V6-116 (Tutor: Jens Schulz)

Termine

Datum Thema Ansprechpartner Vortragende dienstags Vortragende mittwochs Zusätzliches Material
10./11.10.2017 1. Anzahl Alignments Daniel – – Organisation
17./18.10.2017 2. BWT in der Praxis Jens – –
24./25.10.2017 3. Score-Matrizen Jens Solveig Gasse Christine Barber ipb001303d.results.pdf ipb001525a.results.pdf
31.10/01.11.2017 entfällt
07./08.11.2017 4. Datenbanken und Datenformate Jens Jonas Leon Bicker Kim Wüstkamp
14./15.11.2017 5. Paarweises Alignment in der Praxis 1: Datenbanksuche Jens Jan Niklaas Milchert Aron Sattler unknown_gene.fas, unknown_protein.fas
21./22.11.2017 entfällt
28./29.11.2017 6. Paarweises Alignment in der Praxis 2: Alignment-Statistik: Datenbanksuche Daniel Julia Rudij Nele Tiemann
05./06.12.2017 7. q-Grams und de Bruijn-Graphen Tizian Bjarte Alexander Feldmann Distances_todos.java, Distances_todo.py, test_reads.fasta, test_reference.fasta, test.fasta
12./13.12.2017 8. Indexstrukturen Daniel Lukas Schulte Daniel Göbel Java Klassen
19./20.12.2017 9. Mapping und differentielle Expression Daniel Leonard Bohnenkämper Lisa Hils minichloroplast.zip
26./27.12.2017 Weihnachtspause
02./03.01.2018 Weihnachtspause
09./10.01.2018 10. Multiples Alignment in der Praxis 1: DIALIGN Tizian Yannick Petersen Jasmin Hartmann
16./17.01.2018 11. Multiples Alignment in der Praxis 2: Clustal W Tizian Larissa Horstkötter Gabriel Abrantes Diaz
23./24.01.2018 12. Genom-browser und Genomalignment Daniel Anna Lena Bergander h_pylori26695_eslice.fasta h_pylorij99_eslice.fasta
30./31.01.2018 13. RNA-Faltung Daniel Jannis Göke Ruth Rothgänger sequences.fasta

Lösungen der Übungsaufgaben schicken an: praktikum-seqan@CeBiTec.Uni-Bielefeld.DE

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