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teaching:2018summer:sa

Sequenzanalyse, Sommersemester 2018


392105/06 Dörr SS 2018 Di 10:15 - 11:45 in H11 und Do 10:15 - 11:45 in H11ekvv/ekvv/ekvv

Kurzbeschreibung

Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist.

In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.

Literatur

  • Das Skript zur Vorlesung: Sequenzanalyse-Skript
  • Prof. Volker Heun an der TU München hat auch eine gute Skriptsammlung.
  • Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997.
  • Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.

Veranstaltungsdaten

Wir bitten alle Studierende sich im ekvv/ekvv/ekvv für Vorlesung und Übungen zu registrieren. Dies erleichtert die Organisation der Übungsgruppen.

Organisatorisches

  • Die Modulbeschreibung enthält einige Rahmenbedingungen der Veranstaltung.
  • Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50% der Punkte) und aktive Teilnahme in den Tutorien (mindestens zweimal Vorrechnen) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung.
  • Die Übungszettel werden in der Regel wöchentlich in der Vorlesung ausgegeben. Die Abgaben zu den Übungszetteln werden zu Beginn der nächsten Vorlesung eingesammelt oder können vor dieser Vorlesung bei den jeweiligen Tutoren abgegeben werden.
  • Bitte den Tutorientermin bzw. den Tutor, sowie Deinen Namen deutlich auf der Abgabe vermerken. Zettel, die nicht zugeordnet werden können, werden auch nicht bewertet.

Übungen

Beginn ab 16.04.2018

Termin Tutor Raum EKVV
Mo, 10-12 Katharina Klerx U10-146 (Ausnahme 16.04: M3-115) ekvv
Mi, 16-18 Leonard Bohnenkämper T2-141 ekvv

Prüfungstermine

  1. Klausur: 12. Juli 2018 » Anmeldung zur Klausur «
  2. Klausur: 04. September 2018 » Anmeldung zur Zweitklausur «

Übungszettel

Woche Datum Übungszettel Präsenzübungszettel Sonstiges
01 10.,12.04 Blatt 01
02 17.,19.04 Blatt 02 Präsenzübungszettel 01
03 24.,26.04 Blatt 03 Präsenzübungszettel 02
04 –, 03.05 Blatt 04 Präsenzübungszettel 03 (Dienstag entfällt), Aufgabe 4.2 Abgabe nächste Woche
05 08.05, – Blatt 05 (Donnerstag entfällt)
06 15.,17.05 Blatt 06 Präsenzübungszettel 04
07 22.,24.05 Blatt 07 Präsenzübungszettel 05
08 29.05, – Präsenzübungszettel 06 (Donnerstag entfällt)
09 –,07.06 Blatt 08 (Dienstag entfällt)
10 12.,14.06 Blatt 09 Präsenzübungszettel 07
11 19.06, – Blatt 10 Präsenzübungszettel 08 (Donnerstag entfällt)
12 26.,28.06 Blatt 11 Präsenzübungszettel 09
13 03.,05.07 Präsenzübungszettel 10
14 10.,12.07 Q & A-Session / Klausur
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teaching/2018summer/sa.txt · Last modified: 2018/07/27 13:49 by Daniel Doerr