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teaching:2019summer:sa

Sequenzanalyse, Sommersemester 2019


392105/06 Dörr SS 2019 Di 10:15 - 11:45 in H11 und Do 10:15 - 11:45 in H11ekvv/ekvv

Kurzbeschreibung

Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist.

In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.

Literatur

  • Das Skript zur Vorlesung: Sequenzanalyse-Skript
  • Prof. Volker Heun an der TU München hat auch eine gute Skriptsammlung.
  • Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997.
  • Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.

Organisatorisches

  • Die Modulbeschreibung enthält einige Rahmenbedingungen der Veranstaltung.
  • Zur Teilnahme an der Vorlesung und Klausur sind diejenigen berechtigt, welche die A&D Klausur bestanden haben oder im WS2018/19 zur A&D Klausur zugelassen waren.
  • Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50% der Punkte) und aktive Teilnahme in den Tutorien (mindestens zweimal Vorrechnen) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung.
  • Die Übungszettel werden wöchentlich Montags mittags auf dieser Seite online geschaltet. Gleichzeit endet dann auch die Abgabefrist der Übungszettel der vorangegangenen Woche. Die Lösungen können entweder in der Vorlesung, im Briefkasten vor dem Büro U10-151 abgegeben werden, oder direkt per E-mail an die jeweiligen Tutoren geschickt werden.
  • Bitte den Tutorientermin bzw. den Tutor, sowie Deinen Namen deutlich auf der Abgabe vermerken. Zettel, die nicht zugeordnet werden können, werden auch nicht bewertet.

Übungen

Abgabeschluss der wöchentlichen Übungsaufgaben ist jeweils Montags 12:00 CEST. Gleichzeitig wird ein neuer Übungszettel auf dieser Seite veröffentlicht werden. Abgaben können zur Vorlesung, im Briefkasten vor dem Büro U10-151 oder direkt per E-mail an die jeweiligen Tutoren abgegeben werden.

Termin Tutor Raum EKVV
Di 16-18 Michel Theodor Henrichs U10-146 ekvv
Mi 14-16 Michel Theodor Henrichs U10-146 ekvv
Fr 12-14 Daniel Dörr U10-146 ekvv

Prüfungstermine

  1. Klausur: 16.07.2019, 10:00-12:00 in H11 » Anmeldung zur Klausur «
  2. Klausur: 10.09.2019, 10:00-12:00 in H11 » Anmeldung zur Klausur «

Übungszettel

Woche Datum Übungszettel Präsenzübungszettel Sonstiges
14 02.,04.04
15 09.04, – 01 01 (Donnerstag entfällt)
16 16.,18.04 02 02
17 23.,25.04 03 03
18 30.04,02.05 04 04
19 07.,09.05 05 05, Ü. Zusatztutorium inkl. Lösungen Donnerstag: Zusatztutorium in U2-217
20 14.,16.05 06
21 21.,23.05 07 06
22 28.05, – 08 07 (Donnerstag entfällt)
23 04.,06.06 09
24 11.,13.06 10
25 18.06, – 11 08 (Donnerstag entfällt)
26 25.,27.06 12 Donnerstag: Zusatztutorium in H11 mit Michel
27 02.07, – 13 (Donnerstag entfällt)
28 – ,11.07 (Dienstag entfällt), Q & A-Session
29 16.07, – Klausur
36 03.09 Zusatztutorium um 16h s.t. in U10-146 mit Michel
37 10.09 Zweitklausur
teaching/2019summer/sa.txt · Last modified: 2019/08/26 13:18 by Daniel Doerr