392041 Implementieren von Algorithmen (Ü) (WiSe 2020/2021):
Jeder Teilnehmer implementiert einen (einfachen) Algorithmus in einer Programmiersprache seiner Wahl und stellt diesen an einem der wöchentlichen Termine vor. Die Themen werden individuell verteilt. Der Quellcode und einige Testdaten (falls zutreffend) müssen den Organisatoren vor der Präsentation zugesandt werden.

• Fitch-Algorithmus für Small Parsimony
• Center-Star-Approximation für Sum-of-Pairs-Alignment
• Sellers' Algorithmus (unter Verwendung von SIMD-Befehlen)
• Burrows-Wheeler-Transformation (mit linearem Speicher)
• Nussinov-Algorithmus

• Profile Hidden Markov Models

• Double Cut and Join (DCJ) Distance
• Spanning Trees (Kruskal or Prim)
• Neighbour Joining
• Sankoff-Algorithmus für Small Parsimony
• Agglomerative Clustering

• Extracting splits from a colored compacted de-Bruijn graph
• Konstruktion von Suffixbäumen mit WOTD
• Hirschberg-Algorithmus in Haskell
• Gotoh-Algorithmus für paarweises Alignment mit affinen Gapkosten
• Suffix array construction with Manber-Myers

• Additive tree construction á la Waterman
• Finding MUMs and MEMs using Suffix Trees
• Perfect Phylogeny
• The Money Changing Problem
• Center-Star-Approximation für Multiples Alignment

• Progressives Alignment