Sequenzanalyse-Praktikum

Übung:
392012
Di. 10-14 Leonard Bohnenkämper, Roland Wittler, Luca Parmigiani
(Tutor: Lennart Finke)
ekvv

Es gibt auch einen Donnerstags-Termin. Wir bitten aber alle Teilnehmenden, zunächst am Dienstag zu erscheinen.

Inhalt

In dieser vierstündigen Übung werden wir uns mit Themen aus der Sequenzanalyse beschäftigen, die den Inhalt der Vorlesung Sequenzanalyse vertiefen und erweitern. So behandeln wir zum Beispiel Datenformate und die Datenbanksuche.
Im ersten Teil jedes Übungstermins halten die Studierenden Vorträge über ausgewählte Themen, mit denen wir uns im zweiten Teil dann praktisch beschäftigen werden.

Anforderungen

  • Halten eines 30 bis 45-minütigen Vortrags
  • Schriftliche Ausarbeitung des Vortrags von 5 bis 10 Seiten
  • Bearbeitung der Übungsaufgaben (in Zweiergruppen)
  • Anfertigung von Protokollen über die Lösung der Aufgaben (in Zweiergruppen).

Regeln

  • pünktliche Abgabe von Protokollen, Verbesserungen und Ausarbeitungen
  • Erste Abgabe der Protokolle: spätestens Sonntag um 24:00 per Email (PDF < 3MB an praktikum-seqan@cebitec.uni-bielefeld.de)
  • Nachbesprechung erfolgt im Seminar.
  • Zweite, finale Abgabe eine Woche später (Zeit wie oben)
  • nicht mehr als zwei Personen pro Abgabe

Bei jeder Abgabe könnt ihr bis zu 3 Punkte sammeln. Bei der Erstabgabe bewerten wir lediglich die Vollständigkeit eures Protokolls, bei der Zweitabgabe wird auch die Korrektheit des Protokolls miteinbezogen. Bei insgesamt 13 Zetteln mit je zwei Abgaben gibt es dann insgesamt 78 Punkte, von denen ihr 60 Punkte erreichen müsst, um das Praktikum zu bestehen.

Protokollvorlage

Zum Erstellen des Protokolls kann (muss aber nicht!) folgende LaTeX Vorlage verwendet werden: ProtokollVorlage.zip. Ein beispielhaftes Musterprotokoll findet sich hier.

Zeiten

Vorbesprechung am Dienstag, 01.04.

Dienstag:

  • 10:00 - 11:30, U10-146
  • 11:30 - 14:00 (inklusive Mittagspause), V6-116 (Tutor: Lennart Finke)
Datum Thema Ansprechpartner Vortragende*r Zusätzliches Material
01.04. Vorbesprechung in V6-116 Einstiegsaufgaben (s.o.)
08.04. Themenvergabe, 1. Anzahl Alignments Roland Roland Orga-Slides
15.04.25 Besprechung 1. Zettel, Hinweise zu Vorträgen und Ausarbeitungen Roland/Leonard Roland/Leonard Hinweise zu Vorträgen und Ausarbeitungen
22.04.25 2. Q-gramme und de Bruijn-Graphen Leonard Sofi & Enya
29.04.25 3. Indexstrukturen Roland Tom & Max
06.05.25 4. BWT in der Praxis Roland Carina & Kiril
13.05.25 5. Strukturelle Variationen Roland Hannah
20.05.25 6. Score-Matrizen Roland John
27.05.25 7. Datenformate und Datenbanksuche mit BLAST Leonard (Leonard) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sitemap/samplerecord.html
03.06.25 8. Alignment-Statistik Leonard Lena & Julius
10.06.25 9. Differentielle Expression Leonard Lilli
17.06.25 10. Genombrowser und Genomalignment Leonard (Max & Liliana)
24.06.25 11. Multiples Alignment Leonard Linn & Asal
01.07.25 12. Phylogenetische Analyse Roland Tanja
08.07.25 13. RNA-Faltung Roland Philipp
15.07.25

Back to Teaching