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teaching:2012summer:meilensteinebioinformatik

Meilensteine der (Bio-)Informatik Sommersemester 2012


Seminar: 392212 Di. 14-16 in V2-221 (GZI) Roland Wittler ekvv

Inhalt

Der Inhalt dieses Seminars ist zweierlei:

  1. Thematisch wollen wir uns mit den Klassikern der Bioinformatik befassen: Grundlegende Algorithmen und Verfahren, von denen jeder von uns schon einmal gehört hat oder gehört haben sollte. Im Seminar soll nicht nur der Inhalt der Paper besprochen, sondern auch das Drumherum beleuchtet werden: Gibt es Anekdoten zu diesem Artikel oder den Autoren? Wie ist er geschichtlich einzuordnen? Warum und wofür ist der Inhalt bedeutsam? …
  2. Dieser o.g. thematische Schwerpunkt soll als Basis dienen für den zweiten Fokus: Das Schreiben von wissenschaftlichen Texten, wie BA- oder MA-Arbeiten, oder in diesem Fall eben Seminararbeiten. In unseren Treffen besprechen wir nach und nach Dinge wie: Aufbau der Arbeit; Was gehört in eine Einleitung? Wie ist eine Einleitung aufgebaut? Wie formuliert man komplexe formale Zusammenhänge verständlich? Wie hat eine Bildunterschrift auszusehen? Wie zitiert man korrekt? … Nach der Besprechung folgt dann jeweils die praktische Umsetzung - jeder an “seinem” Thema, aber gegenseitiges Helfen/Gegenlesen/Besprechen ist erwünscht.

Gegen Ende des Semesters hält jeder noch einen kurzen Vortrag über sein Thema.

Das Schreiben/Vortragen auf Englisch ist sehr wünschenswert aber nicht gefordert.

Beim Schreiben der Ausarbeitung wird LaTeX verwendet. Es wird hierzu eine Einführung und immer wieder Hilfestellungen geben. Vorkenntnisse sind nicht erforderlich und verschaffen auch keinen Vorteil. Als Nebeneffekt lernt also jeder Teilnehmer LaTeX.

Sprechstunde

Donnerstags 14-15 Uhr, nach Absprache und auf Gut-Glück. Büro: U10-145.

Materialien

Hausaufgaben

Am 17.4. wird das Seminar nicht stattfinden.

Bis zum 24.4. sollte jeder sein Paper gelesen und natürlich auch verstanden haben. Beim Lesen auf folgende Punkte achten und diese zum 24.4. vorbereiten:

  • Literatur: Welche im Paper zitierte Sekundärliteratur sollte ich auch zitieren? Und was darüber hinaus?
  • Roter Faden: Wie werde ich meine Ausarbeitung aufbauen? (Als Überschriften und Kommentare im LaTeX-Dokument)
  • Jede im Seminar angefertigte Ausarbeitung sollte folgende Elemente beinhalten.
    • Definition, Lemma, o.ä.
    • Tabelle
    • Grafik
    • Algorithmus

Überlege welche Definition, welche Tabelle etc. du in deine Ausarbeitung aufnehmen wirst.

Termine

Datum Thema
3.4. Themenvergabe, Administratives
10.4. Erste Schritte in LaTeX, BibTeX
17.4. entfällt (Hausaufgabe! Siehe Oben.)
24.4. Was will ich selber schreiben? (Aufbau, Roter Faden);
Was haben andere geschrieben? (Zitieren)
Wie schreibt man?
8.5. Eine Einleitung in Einleitungen
15.5. Definition Satz Beweis
22.5. Tabellen und Grafiken - Überschriften und Unterschriften
29.5. Algorithmen : vom Pseudocode (mit LaTeX-Paket algorithm2e) zur Beschreibung
5.6. Zusammenfassung und Ausblick
Montag
11.6. 12-14 Uhr in V2-222\\(1. Deadline für Ausarbeitung!)
Vorträge: Foliengestaltung im Allgemeinen und in LaTeXBeamer
12.6. entfällt, vorverschoben auf 11.6.
19.6. Reviews schreiben und lesen
26.6. Vorträge
3.7. Vorträge
10.7. (Finale Deadline für Ausarbeitung!) Vorträge

Vorträge

26.6. - Stringology

Quicksort Sonja K.
Boyer-Moore(-Horspool) Sandra B.
Knuth-Morris-Pratt Janis H.
Burrows-Wheeler Martina U.

3.7. - Sequenzvergleich und Graphentheory

Needleman-Wunch Sebastian K.
Smith-Waterman Mark U.
FASTA Tugce K.
Hamilton Max R.
Euler Sören M.

10.7. - Biologische Signale - Finale Deadline für Ausarbeitung!

Markov-Ketten Sören S.
Glimmer Annica S.
Nussinov Birte H.
Maximum-Likelihood Bäume Sebastian B.

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teaching/2012summer/meilensteinebioinformatik.txt · Last modified: 2016/05/12 13:32 by Lukas Pfannschmidt