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teaching:2016winter:phylogenetik

Phylogenetik

Dr. Roland Wittler
Vorlesung: Dienstag, 10.15-11.45 Uhr in T2-204
Sprechstunde: nach Vereinbarung
Büro: U10-145
Übungen: Siehe unten.
Koordination der Übungen: Tizian Schulz

Inhalt

Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik. In dieser Vorlesung werden mit klar algorithmischem Schwerpunkt traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Themen werden u.a. sein:

  • Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
  • Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
  • Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
  • Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
  • Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen

Literaturempfehlungen

  • J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
  • R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
  • D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
  • D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
  • M. A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.

Prüfungsleistung

Auszug aus dem Modulhandbuch: “Portfolio aus Übungsaufgaben, die veranstaltungsbegleitend […] und Abschlussklausur (90 min) oder mündlicher Abschlussprüfung (15-25 min). Die Übungsaufgaben ergänzen und vertiefen den Inhalt der Vorlesung. Mitarbeit in den Übungsgruppen (Zweimaliges Vorrechnen von Übungsaufgaben nach Aufforderung). […] Nachweis einer ausreichenden Zahl korrekt gelöster Übungsaufgaben (in der Regel 50% der im Semester für das Lösen der Aufgaben erzielbaren Punkte). Die Abschlussprüfung bezieht sich auf den Inhalt der Vorlesung und der Übung und dient der Bewertung.”

Klausur

In der ersten Woche der vorlesungsfreien Zeit, also dem 14.2., 10-12 Uhr, in Raum T2-204.

Übungen

Koordination der Übungen: Tizian Schulz

Die Tutorien beginnen ab der zweiten Semesterwoche.

Swen Simon Do 16-17 Uhr U10-146 ekvv
Jens Schulz Mi 12-14 Uhr C3-241 ekvv
  • Bestehensgrenze 50% (siehe “Klausur”)
  • Abgabe zu Beginn der Vorlesung oder vorab bei der Tutorin, beim Tutor oder beim Veranstalter.
  • keine Gruppenabgaben

Übungsaufgaben

Datum Übungsblatt
18.10.2016 Blatt 1
25.10.2016 Blatt 2
01.11.2016 – Allerheiligen –
08.11.2016 Blatt 3
15.11.2016 – entfallen –
22.11.2016 Blatt 4
29.11.2016 Blatt 5
06.12.2016 Blatt 6
13.12.2016 Blatt 7
20.12.2016 Blatt 8
– Weihnachtspause –
10.01.2017 Blatt 9
17.01.2017 Blatt 10
24.01.2017 Blatt 11
31.01.2017 Blatt 12
07.02.2017

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teaching/2016winter/phylogenetik.txt · Last modified: 2017/02/13 13:42 by Roland Wittler