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teaching:2009winter:phylogenetik

Phylogenetik

Dipl.-Inform. Roland Wittler
Dipl.-Inform. Peter Husemann
Prof. Dr. Jens Stoye

Inhalt, Kommentar

Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik. In dieser Vorlesung werden mit klar algorithmischem Schwerpunkt traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Themen werden u.a. sein:

  • Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
  • Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
  • Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
  • Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
  • Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen

Das Vorlesungsskript ist nicht mehr verlinkt. Bitte beim Veranstalter fragen…

Semesterapparat

J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
M.A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.

Klausur

Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50%) und aktive Teilnahme an den Tutorien (“Vorrechnen”) sind Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur. Die Prüfungsaufgaben werden in der Regel wöchentlich ausgegeben. Die Klausur bezieht sich auf den Stoff der Vorlesung und der Übungen.

Die Klausur findet am 03.02.2009 von 8:30-10:00 in H9 statt. Um frühzeitiges Erscheinen bis 8:15 wird gebeten.

Die Modalitäten zur Nachprüfung werden später in der Vorlesung bekanntgegeben.

Übungen

Di, 10-12 vorerst in U10-155 (Peter)
Mi, 10-12 in U10-146 (Eyla)
Mi, 10-12 in M3-115 (Dominik)

Übungsaufgaben

Datum Übungsblatt
21.10.2009 Blatt 1
28.10.2009 Blatt 2
04.11.2009 Blatt 3
11.11.2009 Blatt 4
18.11.2009 Blatt 5
25.11.2009 Blatt 6
02.12.2009 Blatt 7
09.12.2009 Blatt 8
16.12.2009 Blatt 9
23.12.2009 Blatt 10
13.01.2010 Blatt 11
teaching/2009winter/phylogenetik.txt · Last modified: 2016/01/19 12:37 (external edit)