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teaching:2015winter:phylogenetik

Phylogenetics

Dr. Pedro Feijão
Lecture: Tuesday, 10.15-11.45 in C01-142
Office: U10-137

Content

Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik. In dieser Vorlesung werden mit klar algorithmischem Schwerpunkt traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Themen werden u.a. sein:

  • Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
  • Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
  • Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
  • Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
  • Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen

Lecture Notes

Students will receive a printed copy of the lecture notes, and a PDF is available here:

Further Reading

  • J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
  • R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
  • D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
  • D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
  • M. A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.

Final Exams

T.B.A.

Auszug aus dem Modulhandbuch: “Erfolgreiches Lösen der Übungsaufgaben (Bestehensgrenze 50%) ist Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur oder der abschließenden mündlichen Prüfung. […] Abschlussklausur oder abschließende mündliche Prüfung beziehen sich auf den Stoff der Vorlesung und der Übungen.”

Exercises

Coordination: Kevin Lamkiewicz, Damianos Melidis \\

  • Bestehensgrenze 50% (siehe “Klausur”)
  • Abgabe zu Beginn der Vorlesung oder vorab bei der Tutorin, beim Tutor oder beim Veranstalter.
  • keine Gruppenabgaben

Exercise sheets


Date Exercise sheet
20.10.2015 Exercise 1
27.10.2015 Exercise 2
03.11.2015 Exercise 3
10.11.2015 Exercise 4
17.11.2015 Exercise 5
24.11.2015 Exercise 6
01.12.2015 Exercise 7
08.12.2015 Exercise 8
15.12.2015 Exercise 9
22.12.2015 bonuszettel.pdf
12.01.2016 Exercise 10
19.01.2016 Exercise 11
26.01.2016 Exercise 12
19.01.2016 Exercise 13
26.01.2016 Exercise 14

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teaching/2015winter/phylogenetik.txt · Last modified: 2016/05/12 13:32 by Lukas Pfannschmidt