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teaching:2018summer:phylogenetik

Phylogenetik

Dr. Roland Wittler
Vorlesung: Donnerstag, 10.15-11.45 Uhr in U10-146
Übungen: Montag, ab 9.00 Uhr in U10-146
Sprechstunde: nach Vereinbarung
Büro: U10-145

Inhalt

Die Rekonstruktion von phylogenetischen Bäumen ist eines der ältesten Arbeitsgebiete der Bioinformatik. In dieser Vorlesung werden mit klar algorithmischem Schwerpunkt traditionelle und neuere Verfahren zur Rekonstruktion von phylogentischen Bäumen behandelt. Themen werden u.a. sein:

  • Diskussion der mathematischen und biologischen Grundbegriffe
  • Formalisierungen des Baumrekonstruktionsproblems
  • Merkmals- und distanzbasierte Rekonstruktionsalgorithmen
  • Statistische Modellierung von Evolution und Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
  • Bewertung der Qualität von rekonstruierten Bäumen

Literaturempfehlungen

  • J. Felsenstein. Inferring Phylogenies. Sinauer, 2004.
  • R. D. M. Page, E. C. Holmes. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell, 1998.
  • D. Graur, W.-H. Li. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer, 2000.
  • D. M. Hillis, C. Moritz, B. K. Mable. Molecular Systematics. Sinauer, 1996.
  • M. A. Steel and C. Semple. Phylogenetics. Oxford University Press, 2003.

Prüfungsleistung

Auszug aus dem Modulhandbuch: “Portfolio aus Übungsaufgaben, die veranstaltungsbegleitend […] und Abschlussklausur (90 min) oder mündlicher Abschlussprüfung (15-25 min). Die Übungsaufgaben ergänzen und vertiefen den Inhalt der Vorlesung. Mitarbeit in den Übungsgruppen (Zweimaliges Vorrechnen von Übungsaufgaben nach Aufforderung). […] Nachweis einer ausreichenden Zahl korrekt gelöster Übungsaufgaben (in der Regel 50% der im Semester für das Lösen der Aufgaben erzielbaren Punkte). Die Abschlussprüfung bezieht sich auf den Inhalt der Vorlesung und der Übung und dient der Bewertung.”

mündliche Prüfungen

In der ersten vorlesungsfreien Woche, also dem 26.07. und in der letzten Woche im Semester, also dem 27.09. Für die Terminvergabe bitte an Heike Samuel wenden.

Übungen

Das Tutorium beginnt ab 23.04., montags ab 9.00 Uhr in U10-146

  • Bestehensgrenze 50% (siehe “Klausur”)
  • Abgabe zu Beginn der Vorlesung oder vorab beim Veranstalter.
  • keine Gruppenabgaben

Übungsaufgaben

Datum Übungsblatt
12.04. Blatt 1
19.04. Blatt 2
26.04. Blatt 3
03.05. Blatt 4
17.05. Blatt 5
24.05. Blatt 6
07.06. Blatt 7
14.06. Blatt 8
21.06.
28.06. Blatt 9
05.07. Blatt 10
12.07. Blatt 11 (Besprechung am 19.07.)

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teaching/2018summer/phylogenetik.txt · Last modified: 2018/07/31 12:16 by Roland Wittler